策零做事雷厉风行，立即采取以下几项重大措施：
一、宣布拉昌汗所立伊喜嘉措为假达赖，囚禁于药王山。
二、请五世班禅为准噶尔官兵讲经传戒，然后遣兵护送五世班禅回扎寺，答应不杀害拉昌汗家属。
三、任命达瓦为第巴，恢复却杰职务，并着其代理宫中总管。
四、派人前往理塘寻找、迎请灵童，未果。
五、为替桑结大人申冤，清算追随拉昌汗的贵族、寺院。
前几项还颇得人心，这第五项做下来，却暴露了策零的狠毒之心。撤职查办，没收财产，倒也罢了，接着是对其本人或家属酷刑拷打、百般凌辱，逼使其交出隐匿钱财，到后来，凡是富户，尽遭劫掠，不断传出嘶叫哭喊之声，令人毛骨悚然。接着夺取寺庙财产，敏珠林、多吉扎和香色等宁玛寺院，更是被一把火夷为平地，僧人遭殴打、杀戮、驱逐，连三大寺亦难完全幸免。一群士兵冲入宫中，见五世达赖灵塔上珍宝甚多，竟欲毁塔抢宝，幸亏达瓦、却杰闻之赶来力阻，才未得逞。掠夺的贵重财物全部装车运往伊犁。
达瓦、却杰目睹现状，倍感失望，后却杰到色拉朱康出家，因精通佛法、才艺双全，信徒众多，被尊为朱康活佛，很有名气。达瓦怕任由策零胡闹，众生更当遭殃，自己在职或许还可起点阻止作用，于是勉为其难留了下来。
康熙闻报后，下令征讨，就近派封堵阿拉布坦的总督额伦特和侍卫色楞统兵数千进剿。策零率兵北上迎战，用诱敌之计，不断败退，清兵果中计猛追。
这一天，追到日暮，不见了敌骑，只见一条大河波浪滔滔，阻住前路。扎营不久，忽得报，后队辎重尽被敌骑劫去。待次日天明，发现周围山头布满伏兵，几番突围，均被强弓硬弩射回，相持十数日，可怜清兵杀马掘草，能食之物都已吃尽，最后全军饿毙，无一生还。时间在1718年，康熙五十七年。
皇帝大惊，朝臣哗然。廷议时多主从缓用兵，皇帝也犹豫了。数日后，西宁大臣送上的一份奏报，才坚定了皇帝出兵的决心。奏报中说，阿拉布坦命策零强令三大寺和五世班禅各派代表前往准噶尔大帐商议藏事。完全是主子的口吻和作派。皇帝深知，若不当机立断，蒙藏危矣。
康熙晚年，不能不考虑立储大计，然遍观诸子，唯有十四阿哥为人宽厚，才华出众，故颇为属意。这次出兵由他出掌帅印，一来是增长历练，二来可建立功业，三来，万一自己……他手握重兵，方可顺利登位。
1719年，康熙五十八年初，皇帝下旨，兵分三路，合围进剿，务求全胜。中路由皇室子弟、平逆将军延信统领，从安多南下。南路由四川提督年羹尧、副将岳钟琪，渡江经昌都向拉萨挺进。北路由靖逆将军富宁安兵出哈密，直指达坂城，牵制阿拉布坦。皇十四子允禵出任抚远大将军，驻节西宁，统领三路大军。
下半年，各路均已准备停当，十四阿哥遣人给策零送去一信，表示愿意谈判，请准噶尔人体面离开西藏。那策零上次获胜，骄狂已极，怎肯撤回，自然拒绝了和谈。
当时中路清兵人数有限，不但地理生疏，且粮草供应也需得到当地王公支持，罗卜藏趁机要求朝廷正式册封边巴为达赖灵童。此举虽有要挟之嫌，皇帝再三考虑，还是答应了：一是达赖之位不可虚悬过久，否则再冒出几个灵童，麻烦大矣；二是可使这次行动获得蒙藏上层及民众广泛支持。
1720年，康熙五十九年二月，圣旨到西宁，正式册封边巴为“宏法觉众第六世达赖喇嘛”。罗卜藏本以灵童为六世转身，没想到封的是六世真身，但目的已达到，故不去多想其他。是年，边巴十二岁。
朝廷要护送达赖灵童进藏的消息传出，安多各王公纷纷出人出物相助，哲布大活佛和内外蒙古各旗扎萨克均遣代表护送随行，再加上沿途自发迎接、尾随的信众，足有两三万人，那队伍确是热闹壮观。
策零得报清兵两路前来，命托布齐率一半人马防堵金沙，自率三千正面迎敌，强征藏人运输粮草，面对数倍官兵毫无惧色。清兵都晓得这个策零厉害，不敢贸然进兵，主将延信只是守着“稳扎稳打、步步为营”八字诀，大营板块缓缓前移。
一天早晨，策零发现士兵都登高眺望，也上去张望，只见清兵后面出现了一支队伍，旗幢风马花花绿绿，唢呐鼓号隐约可闻，众人都猜测是护送灵童的队伍，不待回到营帐，前来支差的藏人跑了个一干二净，再看手下，都面露惶惑之色。策零恐日久生变，即连续向对方发起挑战，延信恐又是诱敌之计，只命放箭死守。
再说南路，由于第巴达瓦放弃抵抗，托布齐孤立无援，兵败被擒，岳钟琪顺利进入拉萨。达瓦又断北路粮草。消息传到军前，士兵更无斗志，那策零果然诡计多端，白日猛攻数次，乘夜色一路狂奔逃回老巢。
天明后，清兵不闻对方营中鼓角，疑其诱敌，直至午时，才有大胆军士过去探视，发现几名重伤者，方知准骑已逃。延信闻之大喜，立派快马向西宁行辕红旗报捷。
是年八月，清军、罗卜藏等安多王公和内外蒙古各旗代表，护送灵童抵拉萨，九月十五日举行坐床典礼。十一月初五，五世班禅为灵童授沙弥戒，取法名格桑嘉措。
延信将策零委任的官员和安插进三大寺的准噶尔喇嘛抓捕，拟将头目斩首，岳钟琪为达瓦求情，得以免死。伊喜嘉措在药王山囚禁的三年中，亏有江央多方关照，未吃大苦，此时朝廷命押解进京，安置于京郊香山实胜寺，离藏时，五世班禅特为送行。
康熙鉴于以往教训，决定废除藏王制，为防止一人专权，改由任命三至五名藏族官员共同处理日常政务，称噶伦。
罗卜藏大失所望，费尽心机，却落得一场空，怎肯就此罢休，于是暗中勾结阿拉布坦，煽动安多王公，密谋造反，有不从者，即攻之。朝廷闻之，初时欲加以规劝，不想罗卜藏挟裹僧俗，与官军对阵，益发猖狂。
1721年，康熙六十年，朝命十四皇子继续坐镇征讨，调年羮尧为陕西提督，军前助剿。这老年确是善战，一路杀去，罗卜藏连败，又被岳钟琪劫营，只得骑了白驼，连夜逃往准噶尔。直至乾隆二十三年，平定准部，将其押回京师，皇帝见他老态龙钟，免了死罪。
安多尚未平靖，已到1722年，康熙六十一年。这一年，康熙六十九岁，从春天起就感身体不适，步履沉重，天凉后到畅春园静养。许是受寒，突然病倒，自觉来势凶猛，恐不能再起，急命隆科多召诸皇子前来，先是四阿哥到，问其他人，隆科多只答“随后即到”。康熙知大限将至，摆手让四阿哥退下，唤来秉笔太监，口述遗诏。此时已是气息奄奄，吐字含混，说到皇十四子时，隆科多向太监复述成“皇四子”。康熙神志尚清，急纠正道：“十四子。”隆科多忙点头：“奴才明白，是四子。”太监迟疑不敢下笔，隆科多瞪一眼，“听见没有？皇上说‘是四子’。”老皇帝气得揪住被子，伸出颤抖的手，未及说出话就驾崩了。按说隆科多与四阿哥和十四阿哥一般远近，然老四平日巴结讨好，故关键时刻，阿舅倒向了老四。
隆科多看了一遍遗诏，命掌印太监盖上玉玺，冷笑着揣进袖中。
片刻，诸皇子赶到，痛哭一场，隆科多宣读遗诏：“皇四子人品贵重，深肖朕躬，必能仰承大统，着继朕登基，即皇帝位。”诸皇子不服，寻那秉笔太监，早已不见人影。八阿哥提出十四阿哥未到，大典暂缓，老四只好答应。
当晚两匹快马一前一后向安多驰去。一是隆科多以朝廷名义请十四皇子速来奔丧。一是四阿哥给年羮尧写的亲笔信。此时安多战事已基本结束，十四阿哥接信后全军举哀，商之年羮尧，欲带十万大军返京。那老年作忠心状说：“请大将军先行，我这里召集人马，一两日内即启程。”
十四阿哥回京后，听了诸阿哥所述，也甚为不平。大家都清楚，老皇帝生前最看重的是十四阿哥。次日会议上，十四阿哥估计大军该到了，提议再等等。老四却阴笑着说：“十四弟啊，我看不必等了，年将军已升任陕甘总督，受封一等公，接替了你的抚远大将军一职，此刻，怕正在开庆祝宴会呢。”
老四登基后，帝号雍正。对诸兄弟逐一迫害，名单上本有十四阿哥，因母后以死相逼，才算高抬贵手，封为守陵大臣，发往京东遵化马兰峪。直至乾隆中期，总算皇恩浩荡，才允许这位白发苍苍的十四叔回京养老。
雍正颇通佛法，继承了尊崇黄教的国策，即位后，将自家府邸雍王府施舍为喇嘛庙，称雍和宫。又将先皇修建的那座中西合璧的大园子，由畅春园改名为圆明园，并在园内建正觉寺、功德寺。何故？因他法号乃圆明居士也。
雍正对西藏事务也甚为关注，一是明确边界，将金沙以东康区划归川省，中甸一带划归滇省，玉树四十族划归西宁大臣管辖。二是派出大臣驻藏办事，留驻一定数量的军队。至乾隆年间，逐步形成达赖喇嘛和驻藏大臣共同治理、下设噶厦政府、遇大事不决奏报朝廷定夺的体制格局。
边巴成年后，律已甚严，谦逊俭朴，颇得众生爱戴。史称格桑嘉措“位极帝师而无纤毫骄慢，教证功德内已圆满，仍从他人听闻经论，曾无暂舍。修证已到高深境界，然举止动静，取水脱鞋皆依戒律而行。富有全藏受用无量，然所着服装每年只换一套。”
社会虽然恢复稳定，但藏人与朝廷却别着一股劲。官方文书称边巴为六世达赖，可西藏僧俗却认为他是七世达赖。
1737年，乾隆二年，五世班禅病逝，俗寿七十四岁。乾隆五年，七世达赖为其灵童取法名巴丹益西，次年举行坐床大典，是为六世班禅，时年五岁。
1757年，乾隆二十二年，格桑嘉措圆寂，俗寿五十岁。其转世由章嘉三世活佛会同三大寺认定，于1762年，乾隆二十七年，在布达拉宫举行坐床大典，是年六岁。三年后，拜六世班禅为师，受沙弥戒，取法名强白嘉措。1777年，乾隆四十二年，受比丘戒。那时，六世班禅内心非常焦虑，强白已受比丘，很快就要亲政，可对达赖喇嘛序列的认定上，朝野仍不一致，若长期别下去，将成为不安定的引子。当他知悉朝廷将于1780年即乾隆四十五年在热河山庄祝贺皇帝七十大寿时，决定上表请行。
乾隆自然非常高兴，认为班禅佛爷前来，“实属吉祥之事”。除命沿途预作准备，还在山庄外仿照扎寺修造须弥福寿寺，在京郊香山建宗境大昭寺，在城北建黄庙，京城人习惯称为西黄寺，预作下榻之处。派出六阿哥和章嘉三世迎至岱海，赏坐黄轿，免跪拜，至山庄时，特许乘轿入宫门，当皇帝出迎并用藏语问候时，班禅大为惊讶，极为感动。
祝寿大典过后，班禅感到不适，御医诊断为天花，乾隆大惊，嘱尽力治疗，先不告之。当时此病几为不治之症，且传染性强，但皇帝仍前往探视，问佛爷有何愿望。班禅来时从张家口直奔承德，故答曰，返程时愿到京城一瞻。
乾隆作了安排后，先到东西陵祭祖。班禅则在京参观了圆明园、香山、雍和宫及繁华街市后，下榻西黄寺。后病势日渐沉重，皇帝再度看望，尽力挽救，命京城所有寺庙诵经祈祷。1780年，乾隆四十五年，十一月初二大师圆寂，俗寿四十七岁。皇帝率满朝王公大臣前去吊唁，献上哈达，长久祈祷发愿，极其悲伤。火化后，灵骨舍利置金塔中，以盛大仪仗送返扎什伦布寺。西黄寺内建清净化城塔一座，内放大师生前所用之物。该塔至今完好。
这次班禅东行，对清政府与蒙藏地方的联系、沟通，对各民族之间的理解、团结，有着重大意义。时隔不久，乾隆在上谕中将强白嘉措称为八世达赖，等于承认了格桑为七世，仓央为六世，既顺应了民意，也不失皇家体面，将拖了八十多年的一桩公案圆满了结，雪域众生心悦诚服。
后来，布达拉宫内为仓央嘉措塑像一尊，是少年容貌，法冠略偏，两只纯净的眼睛注视着他熟悉的这片土地，透着天真俏皮和一丝迷惘。