人理修复后，为了弥补被清空的一年时间，迦勒底的众英灵在魔术师协会的支持下进入各行各业，重新稳定人类社会，并推动其发展。修复八个特异点的过程中，现世面临如同美国好莱坞灾难片一样的“世界末日”，人类在少数里世界生物帮助下艰难生存。冠位指定完成后，世界意识对现实进行了“重置”，清空了所有人关于“末日”的记忆，但仍有少数人“幸免于难”，而江户川柯南同志便是其中之一。
江户川柯南，7岁，真实年龄17岁，本名工藤新一，因偷窥某黑衣组织交易而被灌下毒药，变小为7岁。职业小学生，副业侦探。如今的柯南小朋友正在怀疑人生。
他做了一个很可怕的梦，某一天突如其来的地震，超过50米的海啸，兰的死亡，世界的崩毁……然后又在某一天戛然而止，再回过神，却回到了噩梦的初始，然而……一切都没有发生。自那已过半年，一切都向着正常发展，正当他要把心放回去的时候专心和黑衣组织对抗的时候，远在太平洋彼岸的父亲工藤优作却打来了电话。
“新一，昨天fbi接待了里世界的魔术师协会会长，这个魔术师不是指电视上那些变戏法的，而是真正的magician。”
“喂，老爹你什么时候也开始神棍了？”
“仔细听！这是很重要的事情！新一，魔法，妖怪，神明，这些都是真实存在的，这也是世界各国高层一直以来保守着的秘密。这次他们中的代表找上fbi，不，应该说是找上我，是因为你。新一，有些事情我不太明白，但可以推测出一些。里世界的代表让我转告你：‘世界的世界已经重置，少年，你的使命开始了’。”
听到这里，柯南瞳孔猛缩，手中的水杯无意识的落地，引得一旁的灰原哀投来好奇的目光，柯南的手用力的握着手机，不发一言。工藤优作继续道：“近期会有人去找你，一切小心为上。”
“啊。”柯南挂断电话，眼眸中的光芒明灭不定。是了，他早该想到的，那么真实的绝望与无助又怎么可能会是梦境？一切都是他自欺欺人罢了。他揉了揉发涨的
太阳穴，这么说，世界曾经毁灭过一次，里世界中有人改写了这一未来并清空了所有人的记忆，而他不过是其中的漏网之鱼罢了，说不定要来找他的人就是为了清除他的记忆而来。他并不认为“使命”之类的东西和他有关，如果超自然力量真的存在，自己这种存在在那种力量面前未免太过渺小无力。
灰原哀看着失魂落魄的柯南，想要问些什么却被一阵门铃打断。他皱了皱眉，还是跑过去开了门。门口站着两男一女，为首的少年看起来只有17岁左右，黑眸纯粹而深邃，一头黑色长发束成马尾，如果不是有喉结，很容易呗认成女孩子。他身后跟着身着黑色西服的温雅男人和蓝色短裙的棕发女人。其中的女人看到小哀出来愣了下，随后好像想起什么似的，笑了笑道：“初次见面，我们是人理存续保障机构菲尼斯迦勒底的成员，之前已经通过魔术师协会通知过了。我们来此是为了江户川柯南君，或者说，工藤新一君？”
“你，你们怎么……”小哀被吓得差点跌倒，幸好听到这边动静的柯南走过来，打断小哀的话。
“之前父亲已经通知过我了，只是没想到会来这么快。我就是江户川柯南，请进。”柯南将几人请进阿笠博士家，顺便把一脸惊疑不定的小哀拉了回来。
几人在客厅沙发上坐下。因为阿笠博士不在，所以家中只有小哀和柯南两人。柯南见来人没有让小哀回避的意思，便示意让小哀也坐下。女人打量了一下屋内随意摆放的各种稀奇古怪的发明，感叹道：“真是了不起的创新想法，真想见见这位发明家～～”女人的感叹让柯南二人汗颜了一下，竟然真的有人欣赏阿笠博士的发明啊……不过这个女人怎么有点眼熟？
女人重新看向柯南二人，道：“柯南君和哀酱你们好～我们来自人理存续保障机构菲尼斯迦勒底，迦勒底是联合国与魔术师协会的合作机构。我是莱昂纳多.达.芬奇，迦勒底现任副所长，同时也是一名画家。左边的是夏洛克.福尔……”
“等等等等，”柯南一脸惊悚地打断达芬奇的话，他总算想起来女人的相貌为何如此眼熟了
，那正是世界名画“蒙娜丽莎”的脸！而且这幅名画的作者是……“莱昂纳多.达.芬奇？！骗人也要有个限度吧，再说……”
“这是真的哦，柯南君。同为侦探，在知晓里世界存在的话时候就该对所有超自然现象的发生有浅显的理解。简单来说，我们是英灵，是泛人类史中曾经对世界产生过巨大影响的人物，我们在离世后得到世界意识的允许到达英灵殿，后接受此世之人的召唤再次抵达现世。换而言之，你面前这位酷似蒙娜丽莎的女性，就是货真价实的莱昂纳多.达.芬奇，只是她是以她最得意的作品的形象现世而已。我知道要让一直信仰科学的你们接受神秘侧的事物有些为难，但鉴于接下来可能发生的一系列事情，你们还是有个心理准备为妙。”福尔摩斯略玩味地看着柯南，他当然知道这位小侦探是自己的狂热粉丝，不然也不会劝走了罗曼自己过来了。
在柯南的三观又一次被老福碎掉又重组的同时，佐助靠在沙发上不发一言。他现在的心情极其糟糕，昨天不知道阿赖耶抽了什么风，大半夜把他摇醒，哭唧唧地说什么“你是我们世界的孩子，这里才是你家，你要什么我都给你，你说往东我和盖亚绝不往西！所以你一定不要和糟老头子跑了啊！”之类的话，还一股脑把所有的“魔眼”打包了一份塞给他，导致他的头差点炸掉。阿赖耶被他吼了一顿后，不情不愿的又把能力收回去，但还是给他留了个直死之魔眼，让他到现在还头痛不已。最后还是盖亚把阿赖耶拎了回去，但佐助也是基本一夜未睡。不比当年在忍界，通宵执行任务很正常，自从来了迦勒底，一个个英灵都跟老妈子一样管着他（特指某红色的弓兵），通宵熬夜这种事，他多长时间没干过了？
嗯，都是阿赖耶的错。佐助坐正身子，打断整和柯南讲述前因后果的达芬奇，直接进入正题：“总而言之，就是世界毁灭了，迦勒底拯救世界后由世界意识对世界进行了重置，导致世界意识累积的能量损失，为防止外界人入侵本世界，我们在收集现世合‘气运之子’的气运来补充这部分能量。”
达芬奇观
察佐助的脸色，知道他没有进一步解释的意思，便笑了笑说：“世界意识，也就是盖亚，它丧失能量会导致世界壁变薄，其他世界想要入侵就会变得很简单。而气运之子呢，就是你们所说的‘主角’，这部分气运就是世界意识的结晶，我们可以抽取这部分气运补充世界意识损失的力量，修复世界壁。不过不用担心，虽然取走气运会对气运之子造成影响，但在此之前，我们会在表世界（现世）规则所限定的范围内尽可能多的帮助气运之子完成他们既定的命运。柯南君，你就是我们要找的气运之子之一。”
勉强接受了里世界世界观的柯南小朋友还没有为有幸见到偶像而开心，就被“气运之子”这个大包袱给砸晕了，他身旁的小哀递给他一个爱莫能助的眼神后选择继续看戏。柯南消化了一会儿，问道：“虽然对于我这个倒霉孩子是气运之子一事保有怀疑，但如果你们说的是真的，那么，我既定的命运是什么？”
见目标人物对这些信息接受良好，达芬奇也不端着架子了，凭空取出早上卫宫妈妈准备的小点心丢给佐助和对面两个小朋友，而后露出一个神秘的笑：“虽然说什么天机不可泄露，但是非常时期非常对策嘛，万能的达芬奇亲可是很看得开的～就告诉你好了～可爱的柯南君，你的命运就是捣毁黑衣组织，变回原来的样子～有没有很惊喜？”
柯南嘴角抽动，这个命运……一点都不意外好吗？他和小哀对视一眼，向明显是首领的佐助伸出手：“合作愉快。”
“合作愉快。”佐助回握。这次的目标任务已经可以说是非常合作了，远在中国的a组芥雏子“前辈”可是每天都在聊天群中哭诉目标人物有多坑，她和她带领的中国组英灵加在一起都快上万岁了，却还是被那个叫张楚岚的坑货玩的快要崩溃（说到底还是政哥哥又双叒叕看戏了吧）。美国那边的负责人卡多克近期也是抱怨连连。相比之下，佐助遇到的气运之子都是很靠谱的，除了上周接触的那位怪盗先生拒绝合作外，真的很让人省心。
而此时的世界中心，阿赖耶正在接受来自盖亚的教育。
“你昨天找他哭了那么久，结果把正事给忘了？！”盖亚怒。
“唔……我又不是故意的！被打爆的又不是你！”阿赖耶顶嘴，“而且……我哪敢说啊……说了他打我一顿还是小事儿，万一他决定跟那个糟老头子走了不要我们了怎么办！”
“唉……”盖亚叹气，这也是他所担心的。
“我，我过段时间再和他说……反正，反正也不是很着急嘛……”阿赖耶对手指。
盖亚一个爆栗敲过去：“着不着急你心里没数？！别等到以后又要让他给你收拾烂摊子！”
“我知道啦！”