昭宗并不知道朱温的这份奏章，是和朱温下给朱友谅的密令一起送到长安的。此刻朱温已经率领大军抵达河中，将随时进入关中。官员们已经没有人敢到朝堂，只有朱友谅在宫门等待皇上的批复。只是等到下午还不见宫中动静，朱友谅便直接派兵围了崔胤和郑元规等人的住宅。
昭宗心想，汴军既然已经控制了崔胤住宅，那么杀害崔胤的责任就不在朕，朕是被强迫的、是无奈的！昭宗长吁一口气，终于签了字。
崔胤见相府中的卫士突然多了起来，之前对他毕恭毕敬的人突然变得凶狠起来，严守门庭，禁止人员出入，知道事情来了。
但是崔胤不知自己错在何处。因为他虽然骨子里是对抗朱温的，但远没有到公开的程度，甚至也没有这方面的谋划和行动，谈不上有谁泄密。自己只是惧怕成为贰臣，作一点维系朝廷继续存在下去的事而已，并不打算去触动朱温的利益。自己对朱温的态度也是恭敬有加，有何破绽？难道是朱温能规测到我心中所想？或是朱温自要入朝执政？
崔胤无法知道外面情形，希望这是出于一种误会。等到崔胤看到进入相府的汴州兵里，有不少充作新兵的卧底汴人。崔胤立刻明白自己早就输了，今日就是自己的死期。他突然狂笑了起来，继而大哭，不断地自扇耳光，骂道：“卖国贼崔胤，引狼入室，卖国贼崔胤，罪该万死，卖国贼崔胤，死得好！”
六朝以来，传衍不息的清河崔氏，一门数百人同时被杀。大破黄巢的功臣，八十岁的老将郑元规也因退而不休，欲以朽骨报国恩，也同时被杀，家族也成了殉葬者。
昭宗得知后，亲自驾临延喜楼，正要召问朱友谅。那朱温已飞表到京，请昭宗迁都洛阳，免得被邠州、岐州所制。昭宗下楼，同平章事裴枢，也得得到了朱温的来书，昂然入殿，催促百官东行。次日又驱赶士民，一概下令赶往洛阳。可怜都中之人士，号哭满途，边哭泣边骂道：“贼臣崔胤，召朱温来倾覆社稷，使我等流离失所。”张廷范、朱友谅等人，令人监督，任情捶击，血流满衢。
昭宗虽然不想迁都，但是此刻他的前后左右，统统换成了朱温的心腹。这时已经由不得昭宗，硬要他启驾东行。昭宗无奈，只得在天复四年（904年）正月下旬，带着后妃诸王等人，离开了长安。车驾刚出都门，张廷范已奉朱温的命令，任御营使，督兵拆毁了宫阙，以及官衙民宅。取得屋料，做成舟船，浮于渭水，沿河而下。
长安从此成为废墟，再也没有做为京城的资格。洛阳却被大加兴造，朱温征发两河诸镇的民匠数万人，令张全义修治东都宫室。张全义日夜赶造，所需材料，就是取字长安都中。张全义一面遣使报知昭宗，一面报知朱温。
昭宗行到华州，百姓夹道山呼万岁，昭宗黯然泣道：“不要再呼朕为万岁！朕不能再为汝主了！”等到就宿兴德宫，昭宗对侍臣说道：“都中曾有俚言：‘纥干山头冻杀雀，何不飞去生处乐？’朕如今四处漂泊，不知竟会落在何地？”说至此，泪下沾襟。左右也莫能仰视。
二月初旬，昭宗来到陕州，因东都宫室还没有建成，暂作停留。朱温自河中来朝，昭宗请朱温入宴，并令与何后和他相见。何后掩面涕泣道：“自今大家夫妇，委身于你了。”朱温宴毕而出，留居陕州私第。昭宗命朱温兼掌左右神策军，以及六军诸卫事。朱温在私第中摆酒设宴，邀昭宗临幸，面请先赴洛阳，督修宫阙，昭宗自然面允。
次日昭宗大宴群臣，并替朱温饯行，酒过数巡，众臣辞出，留朱温在座，此外更有忠武节度使韩建一人。何后从室内出来，亲捧玉卮，劝朱温饮。偏偏这时后宫晋国夫人来到昭宗身旁，附耳说了几句话。
朱温未免动疑，韩建又暗中踩了踩朱温的右足，朱温遂托词已醉，不饮而去。次日，朱温立即赶赴东都洛阳。临行之时，朱温上书奏请改长安为佑国军，以韩建为佑国节度使。昭宗虽然准奏，心下却怀着鬼胎，夜间密书绢诏，遣使到西川、河东、淮南，分投告急。
诏中说道：“朕被朱温逼迁洛阳，行同幽闭。诏敕皆出于他手，朕意不得复通，卿等可纠合各镇，速图匡复”。不久，朱温上表声称洛阳宫室，已经构成，请车驾急速启行。司天监王墀，却上奏说星气有变，期在今秋，此时不利东行。
昭宗因而想拖延到至冬，然后再赴洛阳，屡派宫人去告诉朱温，说是皇后新产，不便上道。请等到十月再东行，把医官使阎佑之诊后药方作为证据。朱温怀疑昭宗徘徊等变，即遣牙官寇彦卿，带兵来到陕州。朱温叮嘱他说道：“你快速赶到陕州，催促官家过来。”
寇彦卿到了行宫，狐假虎威，逼迫昭宗即日登程。昭宗拗他不过，只好动身。朱温亲自来到新安迎驾，暗中令医官许昭远，告发阎佑之、王墀以及晋国夫人，谋害元帅，一并收捕处死。自从崔胤被杀，六军散亡殆尽。所余击毬供奉内园的小儿二百余人，随驾东来。朱温设食于帐幄之中，诱令他们赴饮，悉数缢死。
朱温另选二百余人，大小相似，代充此役。昭宗初时还没有察觉，数日之后才得知此事。自此以后，御驾左右，全是朱温的私人，所有帝后都一举一动，无不得知。
等昭宗到达东都，御殿受朝，改元天祐。更命陕州为兴唐府，授蒋玄晖、王殷为宣徽南北院使，张廷范为卫使，韦震为河南尹，兼六军诸卫副使。召朱友恭、氏叔琮为左右龙武统军，并掌宿卫，擢升张全义为天平节度使，进朱温为护国、宣武、宣义、忠武四镇节度使。昭宗毫无主权，专仰诸人鼻息，事事牵制，抑郁无聊。
昭宗又封钱镠为越王，罗绍威为邺王，尚望他们热心王室，报恩勤王。那李茂贞、李继徽、李克用、刘仁恭、王建、杨行密等，却移檄往来，声讨朱温，均以兴复为借口。朱温想西攻李茂贞，恐昭宗趁机生变。朱温打算乘势废立，以便日后篡夺。
朱温于是派判官李振来到洛阳，与蒋玄晖、朱友恭、氏叔琮等共同谋议。这些人只知有朱温，不知有昭宗，索性想出一条绝计。秋天的一个夜里，昭宗正夜宿椒殿。蒋玄晖率牙官史太等百余人，夜叩宫口，说是有紧急军事，面奏皇帝。宫人裴贞一开门，史太等一拥而进。裴贞一慌张着说道：“如有急奏，何必带兵？”话音未落，玉颈已挨了一刃，顿时倒在门前。
蒋玄晖在后面，大呼道：“至尊何在？”昭仪李渐荣披衣当先而来，开轩一望，只见刀芒四闪。料知他们不怀好意，凄声道：“宁杀我曹，勿伤大家。”昭宗也被惊起，单衣跣足，跑出寝门。正遇到史太持刀进来，昭宗慌忙绕柱奔走。
史太追赶不舍，李渐荣抢上数步，以身体蔽护昭宗。史太用刀刺死了李渐荣。昭宗越觉惊慌，用手抱头，欲窜无路。但听砉然一声，已是不省人事，倒地归天。这年昭宗三十八岁，在位一十六年。
何后披发出来，碰着蒋玄晖，连忙向他乞哀。蒋玄晖倒也不忍下手，释令入内。于是蒋玄晖等人矫诏宣称李渐荣、裴贞一谋逆杀君，应立辉王李祚为皇太子，改名为李柷，监军国事。
次日，蒋玄晖等人又矫称皇后的旨意，令太子李柷在柩前即位。李柷为何后所生，年仅十三，哪里知道什么大政。昭宗死后，也匆匆棺殓。自何后以下，谁也不敢高声举哀，全是草率了事。
朱温闻得已弑了昭宗，佯作惊惶状，说道：“这些奴才负我，使我受万代恶名。”于是直趋东都，进入拜谒梓宫，伏地恸哭。接着即觐见新皇，奏称朱友恭、氏叔琮等人不能管束士卒，应加贬杀。随即贬朱友恭为崖州司户，氏叔琮为白州司户，一概令他们自尽。朱友恭是朱温养子，原名李彦威，临死之时，向众人大呼道：“卖我塞天下谤，但能欺人，不能欺鬼神。似此行为，尚望有后吗？”
新皇帝李柷御殿接受朝拜，即唐哀帝，尊何皇后为皇太后。天平节度使张全义来朝，任河南尹并兼忠武节度使、判六军诸卫事，又命朱温兼天平节度使，朱温辞归大梁。刘隐重赂朱温，得他庇护，令掌节钺。
倏忽间又过一年，哀帝不敢改元，仍称天祐二年。朱温已决意篡唐，特使蒋玄晖邀集昭宗诸子，共宴九曲池。那时联翩赴宴的，有德王李裕、棣王李祤、虔王李禊、沂王李禋、遂王李袆、景王李秘、祁王李祺、雅王李祯、琼王李祥等九人。朱温殷勤款待，灌得诸王酩酊大醉。朱温即命武士入内，一一扼死，投尸池中。
哀帝怎敢过问，只能奉昭宗安葬和陵，算是人子送终的大典。同平章事柳璨举进士及第，不过四年，骤得相位，一味求媚朱温。蒋玄晖、张廷范等一班朱温的权奴，如裴枢、崔远、独孤损三人，极为轻视柳璨，柳璨引以为憾。
张廷范以优人得宠于朱温，表荐为太常卿。裴枢支吾着道：“张廷范是国家功臣，方得重任，何需乐官？这事恐非元帅意旨，不便曲意听从。”朱温闻言，对宾佐道：“我曾经说过裴枢，器识真纯，不入浮党，今有此议，是他本态毕露。”柳璨正想推倒裴枢等人，趁机落井下石，向朱温添了许多坏话，并将独孤损、崔远两相，一并牵入进来，说是与裴枢同党。朱温于是请罢三相，另荐礼部侍郎张文蔚，吏部侍郎杨涉，同平章事。
到了夏日，彗星出于西北方，占验家说是应在君臣，恐有诛杀大祸。柳璨便将平时嫉忌的诸人，列作一表，秘密献给朱温，且说道：“此等都是怨望腹诽，可加诛杀，上应星变。”朱温尚在迟疑，判官李振进言道：“大王欲图大事，不除掉这些人人物，不能得志。”
朱温当即贬独孤损为棣州刺史，裴枢为登州刺史，崔远为莱州刺史，吏部尚书陆扆为濮州司户，工部尚书王溥为淄州司户，太子太保赵崇为曹州司户，兵部侍郎王赞为潍州司户。此外或是世胄，或是由科班，得入三省台阁的诸臣，稍有声望者，一律贬窜，朝堂为之一空。
李振还不肯干休，劝朱温斩草除根。原来李振屡试进士，终不能及第，所以深恨缙绅，想把他们一网打尽。朱温因而派兵到白马驿，截住裴枢等三十余人，尽行杀死，投尸于河中。李振得以泄恨，对朱温笑道：“此辈清流，应投浊流。”朱温也含笑点首，引为快事。
柳璨诛杀、驱逐了同僚之后，恐人心未服，特召前礼部员外郎司空图入朝，欲加以重任。司空图本来见朝事混乱，早已弃官，隐居王官谷，至此不得已入朝。佯为衰老，坠落朝笏，大失礼仪。柳璨又传诏，说他匪夷匪惠，难列朝廷，可仍放回，这数正中司空图心意，便飘然出都。后来朱温篡位，又征司空图为礼部尚书，司空图依然不受。哀帝遇害后，司空图绝食而死，完名全节。
朱温独揽大权，受命为诸道兵马元帅，别开幕府。朱温已经成为无可争议的天下第一大强藩，但并不意味着没有人敢和他作对。王建就已经和李茂贞联合起来，准备进攻关中。李茂贞被朱温打得落花流水之时，西川诸将劝王建乘机攻取李茂贞的凤翔。王建有些犹豫，征询节度判官冯涓的意见。
冯涓说道：“兵者凶器，残民耗财。今梁、晋虎争，势不两立，若并而为一，举兵向蜀，纵诸葛武侯复生，也不能相敌。凤翔，蜀之籓蔽，不如与之和亲，结为婚姻。无事则务农训兵，保固疆场。有事则观衅而动，可以万全。”王建接受了冯涓的建议，派人与李茂贞修好。李茂贞遣判官赵锽到西川，为其侄天雄节度使李继崇求婚。王建答应了婚事，把女儿普慈公主嫁给了李继崇。李茂贞经常要求的物资和士卒，王建也一概给他。两人结好之后，自然对朱温不利。
朱温便想先发制人，以大唐朝廷的名义下令给忠义军节度使赵匡凝：派出水师，从长江三峡逆流而上，进攻王建。然而朱温却没有想到，赵匡凝一直是对大唐忠心不二。不管皇帝在哪里，也不管大唐天子是被谁挟持，赵匡凝兄弟都会把赋税送到皇帝所在地的藩镇。
昭宗被杀后，朱温派使向各地藩镇通告，观察他们的反应。赵匡凝对使者流涕说道：“受唐恩深，不敢有他志。"明显是对朱温不满。不过朱温暂时没有想处理他，而是想利用他一把。赵匡凝不敢违逆朱温，对王建发动了进攻。赵匡凝遣水军上峡攻打王建的夔州，被渝州知州王宗阮击败。
不过双方不打不相交，王建打退赵匡凝之后，没有乘胜追击，而是将昭宗发给他的求救密诏，送给了赵匡凝，拉赵匡凝入伙，一同对抗朱温。以大唐室忠臣自居的赵匡凝接受了王建的建议，派遣使节前往成都，表答和好诚意。与王李同盟一样，王建与赵匡凝不但缔结了盟约，也结成了儿女亲家。
与此同时，由于朱温实力太强，单靠王建一个盟友，似乎力量不够。于是赵匡凝又派使者前往扬州，与杨行密结盟，相互呼应，赵匡凝加入了反对朱温的阵营。赵匡凝这些动作，自然瞒不过朱温的耳目。朱温大怒，当即决定讨伐赵匡凝。
天祐二年（905年）八月，朱温以武宁节度使杨师厚为先锋，率部攻入了忠义镇境内。在他的后面，还有朱温亲自统率的大军。赵匡凝不是杨师厚的对手。不到一个月的时间，杨师厚便将忠义镇所属的各支州全部拿下，如入无人之境。九月初，朱温亲率大军直抵汉水北岸，与忠义总部襄州仅一河之隔。赵匡凝集结了二万人马，在汉水南岸列阵，准备据河死守。
九月五日，朱温了解到忠义军的部署后，一面正面佯攻，摆出强渡汉水的样子，吸引住赵匡凝的注意力。一面命杨师厚率一支偏师西行六十里，在一个叫阴谷口的地方悄悄架设浮桥。赵匡凝果然被朱温骗住，对汴州兵的秘密架桥行动毫无察觉。
九月七日，阴谷口浮桥建造完毕，杨师厚所部完全渡过了汉水。九月八日，杨师厚率军沿汉水南岸东进，对赵匡凝请亲自率领的忠义军发起攻击。两万忠义军被击溃，赵匡凝仓皇逃回襄州城。赵匡凝感到襄州守不住，带着自己的家人和亲兵，上船顺汉水而下，投奔杨行密去了。