5月17日夜蔡元培到了上海。18日上午他与来访的蒋梦麟、黄炎培、沈恩孚等人面议良久，具体的商谈内容没有直接资料，但此后，蔡元培的态度显然有所松动。
这可由他20日复北洋当局电报为证：“奉大总统指令慰留，不胜愧悚……政府果曲谅学生爱国愚诚，宽其既往”，那么“元培亦何敢不勉任维持，共图补救”。
电文表明，蔡元培实际上是“有条件的”接受了当局的“慰留”，愿意回校“维持、补救”。
数日后黄炎培、蒋梦麟致胡适信亦可作旁证：“回校复职事，孑公已允。此事若不另生枝节，大学可望回复原状。”
但世事难料，枝节还偏偏就是生出来了。蔡元培于5月21日到达杭州，很快就洞悉北洋当局“留他是假，去他是真”，故他于26日复电当局：“卧病故乡，未能北上”，这就意味着拒绝了当局的“慰留”。
6月6日，北洋当局也终于失去了耐心，撕下了虚情“留蔡”的面具，发布大总统令宣布由“胡仁源署北京大学校长”。
此令发出，师生的怒火再次喷发，社会各界的反应也愈加强烈，整个运动呈现出激烈的对抗状态。与此同时，各界劝蔡“回职”的函电也纷纷发到蔡元培手里，许多机构和团体先后派代表到杭州面陈“挽蔡”诚意。
在运动不断升级、“挽蔡”呼声不断高涨的情况下，蔡元培出于激愤于15日撰《不愿再任北京大学校长的宣言》，向各界宣示拒绝复职的理由：“我绝对不能再做那政府任命的校长”，因为那是“半官僚的性质”；“我绝对不能再做不自由的大学校长”，因为“思想自由，是世界各国大学的通例”；“我绝对不能再到北京的学校任校长”，因为“北京是个臭虫窠”。
内容上看，《宣言》无异于一篇檄文，表明了蔡元培对北洋政府决绝的态度，似乎也表明了他不回北大的决心。
这份宣言由于言辞激烈，被其弟蔡元康压下未能发表。
蔡元康随后以自己的名义在《申报》刊出启事，称：家兄患病，遵医嘱屏绝外缘，俾得静养云云。
这样，就为蔡元培争取到了些许相对宁静的“世外”生活的时间。
在这段时间里，蔡元培终于实现了他很长时间以来的宿愿，出版李慈铭《越缦堂日记》。
李慈铭（1830年～1894年），初名模，字式侯，后改今名，字爱伯，号莼客，室名越缦堂，晚年自署“越缦老人”。会稽（今浙江绍兴）西郭霞川村人。
自幼聪颖，勤思好学，博览群书，十二三岁即工诗韵，深受汉学大师、学正吴晴舫器重，有“越中俊才”之称。
一生仕途却极不得意，十一次参加南北乡试，无不落第而归。咸丰九年（1859）北游京城，欲捐资为户部郎中，不料为人欺哄，丧失携资，落魄京师，其母因此变卖田产以遂其志，而家道由此中落。
同治九年（1870），41岁终于中举。光绪六年（1880），51岁始中进士。官至山西道监察御史。“数上封事，不避权要。日记四十余年不断，读书心得无不收录。学识渊博，承乾嘉汉学之余绪，治经学、史学，蔚然可观。长于骈文，被称为‘旧文学的殿军’”。
所著《越缦堂日记》，内容涉及经史、纪事、读书记、诗文等，字数多达数百万字，是一部文史、学术宝库，人评为“可继亭林《日知录》之博，”又谓“生不愿作执金吾，惟愿尽读李公书。”为“晚清四大日记之冠”（另三部为《缘督庐日记》《翁同龢日记》和《湘绮楼日记》）。
所谓《越缦堂日记》，就是李慈铭一生坚持四十余年写下的日记。最为可贵的是其中包括很大一部分读书扎记，文史价值极高。
李慈铭病逝后，蔡元培受其家人的委托，对七十多册李氏日记曾作过初步整理，以备刻印。其后，沈曾植、缪荃孙、刘翰怡等人曾先后筹划过印行该日记，但终未能实现。
1919年初，蔡元培得知李慈铭的藏书将出售，立即与友人商定，“仿曾湘乡日记例”，以影印方式刊出此日记。
他约请张弧、傅增湘、王幼山、王式通四人作为发起人，谋求社会的支持，得到李的故友和文化出版界人士的大力赞助。
蔡元培随后与主持商务印书馆的张元济商定了出版事宜。
此刻，他闲居沪、杭，正好可以专心于日记的编印。期间，李慈铭之侄李璧臣带来日记64册（其余9册由樊增祥取走），蔡元培翻检后经与李璧臣商量，决定先印同治癸亥至光绪戊子，即1863年——1888的日记本51册，取名《越缦堂日记》，，以浙江公会名义付印。此后，从送交书稿、审定书样到题签书名，包括议定书价，蔡元培都是亲历亲为。至1920年，《越缦堂日记》终于与读者见面。
但在此期间，五四运动并没有停歇，运动在高潮之中，实现了广大师生和社会各阶层、各团体、各派别的大联合。汇聚成强大的社会力量，形成了强大的社会压力，尤其是津沪工商界的强力介入给北京政.府以“最严重的打击”，终使北京政.府败下阵来。
6月10日,北.京.当.局不得不发布命令，宣布“批准”曹、章、陆辞职并改组政.府；6月28日，中国代表奉命拒签“巴黎和约”。至此，五四运动“外争主权，内惩国贼”的目的已经达到，在政治上获得大胜。
但学生的运动并未就此结束，因为运动的另一个目的——“挽蔡”还没有实现。6月17日教育部曾发布训令，调胡仁源“到部办事”，意欲缓解；同日国务院、教育部分别致电蔡元培，曰“学.潮已息，校事亟待主持……务希早日莅止，以副群望”云云，同时派部员前往杭州“面致忱悃”，表现出迎蔡回校的积极姿态。
蔡元培对此很冷静，他很清楚，17日训令虽然“调胡到部办事”，但并未撤销6日的“任胡署校”令，故他于20日分别复电院、部，“敢求转请大总统俯赐解职，别任贤能”，辞意仍坚。
一场“拒蔡”和“迎蔡”的较量随后又接着展开：一方面是安福系频施小动作，煽动少数对北大不满的师生“迎胡拒蔡”；另一方面是广大师生和知识界呼吁“迎蔡拒胡”。
直到7月9日，在广大师生和社会各界的呼声之中，加之众多朋友于公于私的劝慰，蔡元培态度终于转变。
他于9日复电教育总长，说“宁敢固执己见”，并允“谨当暂任维持，共图补救”。
同时，蔡元培致电全国学生联合会等有关团体，表示尊重“诸君雅意”和“各方责望”，“不容坚持初志”，公开宣告了返校复职的决定。
其后，尽管安福系仍负隅顽抗，收买少数师生上演“迎胡拒蔡”闹剧，并在媒体上对蔡元培和北大造谣诬蔑，但这一切都已经无济于事了。
1919年7月23日，蔡元培发表了《告北大学生暨全国学生联合会书》，进一步阐述了他学术之上、文化建国的理念。他说：“诸君自五月四日以来，为唤醒全国国民爱国心起见，不惜牺牲神圣之学术，以从事于救国之运动。全国国民，既动于诸君之热诚，而不敢自外，急起直追，各尽其一分子之责任。即当局也了然于爱国心之可以救国，而容纳国民之要求。在诸君唤醒国民之任务，至矣尽矣，无以复加矣……然诸君自身，岂亦愿永羁于此等连带关系之中，而忘其所牺牲之重任乎？”
7月30日，北.京.当.局正式发布大总统令，宣布胡仁源“调部任用，准免署职”。蔡元培回北大复职的最后一个障碍也排除了，至此，对于北大师生而言，五四运动的所有目的全部达到，大获全胜。
此时，正赶上蔡元培的胃病复发，确实不能马上北上。他曾电请北大温宗禹教授继续代行校长职务，但遭到北大师生的拒绝。这样一来，正在江苏教育会任干事长并主编《新教育》杂志的蒋梦麟，便以蔡校长私人代表身份进入北大代理校政。
此后，尽管安福系的政客们曾借机尝试由蒋智由取代蔡元培，但立马遭致北大师生坚决抵制而未能得逞。
经历了此番学.潮，学生还能安下心读书吗？蔡元培的一些朋友也为他耽着这份心，说学生们此后一定会“遇事生风，不复用功了”。
对此，蔡元培有着同样的担心，或许，他比他的朋友们要乐观一些，但也认为必须要“善加引导”。
他于返京之前与学生代表谈话或公开致书全国的学生，都表达了这样的观点：此次运动，学生唤醒国民，作用重大，“然牺牲学业，代价不轻”，青年救国，不可单凭热情，主要应靠学识才力，学生主要的责任还是“力学报国”。
由此，他提出了一个著名的口号：“读书不忘救国，救国不忘读书。”
他十分赞赏北京学界提出的关于恢复“五四”以前教育现状的主张，其中显然含有重建学校秩序，继续全力进行学术文化建设的用意。
蔡元培在家乡小休之后，于9月中旬抵京，其时恰逢北大新学年开学。
虽说过了一个暑假，学生的激情差不多可以平静下来了，但五四运动却不一样，对于这样一场规模宏大、席卷全国的运动，学生是以完胜者的姿态回到校园的，运动的余热尚未消退，趾高气扬的心态也在所难免。如何让学生收心，把学生的心思收到学问上来，这是蔡元培返校后首先要考虑的问题。
在9月20日的开学典礼上，蔡元培高度赞扬学生的“爱国热诚”，赞扬学生在运动中表现出来的“自治的能力”和“自动的精神”，但他的重点则在强调“大学是研究学理的机关”，并围绕这个重点大谈“研究的兴趣”“纯碎学理的文理科”“服务社会的习惯”等问题。这番话在平日或许是老生常谈，但在斯时斯地，却有一层特别的含义，有鲜明的针对性。