云南宣布独立后，即成立军政.府。关于军政.府都督的人选，蔡锷和唐继尧二公相互推让，由于蔡锷的坚持，最终推举唐继尧为军政.府都督。
云南都督府成立后，唐继尧聘请前巡按使任可澄，前山东提学使陈荣昌为参赞。前国会议员赵藩、袁嘉穀及张耀曾等为参议。指派由云龙为秘书厅长、张子贞为参谋厅长、庾恩肠为军政厅长、陈廷策为民政厅长、丁光冠为司法厅长、陈钧为财政厅长兼盐运使。
军政.府提出四项主张：
（一）与国国民戮力拥护共和国体，使帝制永不发生于中国；
（二）划定中央地方权限，俾各省民力能有自由之发展；
（三）建设名实相符的立宪政体，以适应世界潮流；
（四）以诚意巩固邦交，增进国际团体之资格。
同时申誓四点：
（一）同人职责惟在讨袁，天助吾民，幸克有济，举凡建设之事当让贤能以明初志，个人权利思想悉予刬除；
（二）地无分南北，省无论甲乙，同此领土，同是国民，惟当量材程功，通力合作，决不参以地域观念，自启分裂；
（三）倒袁救国心理大同，但能助我张目，便当引为同志，所有从前党派意见，当然融消，绝无偏倚；
（四）五大民族同此共和，袁氏得罪民国，以成五族公敌，万众一心更无何等种族界限。
十二月二十五日，云南独立的消息到了北京后，袁世凯忿怒到了极点。他应该是清楚云南地理环境，对云南用兵不一定如平定二次革命那样顺利。
但他知道，必需使用雷霆手段，尽快解决云南问题。他不能不知道，自己的称帝有多少民意支持，一旦各地效仿和响应云南，弄不好局面可能失去控制。
于是，袁世凯于十二月二十九日下令，将唐继尧、任可澄、蔡锷免职。
“……蔡锷等讨论国体发生之时，曾纠合在京高级军官，首先署名，主张君主立宪，嗣经请假出洋就医，何以潜赴云南，诪张为幻，反复之尤，当不至此。但唐继尧、何可澄既有地方之责，无论此项通电，是否受人胁迫，抑或奸人捏造，究属不能始终维持，咎有应得，开武将军唐继尧、巡按使任可澄，均着即行褫职，并夺去本官及爵位勋章，听候查办！蔡锷行迹诡秘，不知远嫌，应着褫职夺官，并夺去勋位勋章，由该省地方官勒令来京，一并听候查办！此令。”
还一厢情愿地下令第一师师长张子贞代理云南将军，第二师师长刘祖武代理云南巡按使，令他们就近押解蔡、唐等人来京治罪。
民国五年一月五日袁世凯又有申令各省长官晓谕人民云：
“……予昔养疴洹上，无心问世，不幸国崩解，环球震动，遂毅然以救国救民为己任，支持四载，困苦备尝，真不知尊位之有何乐。无如国民仰望甚切，责备甚严，同为国民，敢自暇逸？责任所在，尽力以为，不惜一身，只知爱国，皇天后土，实鉴此心。
“明知暴乱之众，狂妄之徒，断不可以谋国；然果使中有杰出之才，可以治国保民，为人民所信仰，极愿听其为之，予得释此艰巨之仔肩，讵非幸事；然能安大局，环顾何人，为智愚所共见。人民无罪，未可举国之重，任人试验，实逼处此，无从诿卸。
“国民深悉暴民狂徒之心理，终必惨烈相争，傥有墨、葡之变，必为越、韩之续，故谋改国体，冀可长治久安，文电交驰，情词迫切，无非出于爱国之真诚。乃有蔡锷之流，权利熏心，造谣煽乱，非不知人民之状况，时局之艰危，但思侥幸一逞，傥其大欲，即涂炭生灵，倾覆祖国，亦所不顾。抑知国之不存，权利何有？此等举动，早为国民所预料，幸而发觉尚早，不难随时消灭。各省官民，佥谓国体既经国人民代表开会决定，一致赞成君宪，并同戴一尊，根本大计，岂可朝令夕改，断无再事讨论之余地，吁请早登大位，速戡反侧，同深义愤，万口一词。
“予以蒋德，既受国民之推戴，将吏之尊视，何敢再事游移，贻祸国。苟为逆首，惟有执法从事，以谢国民。着各省文武长官剀切出示晓谕人民，分别顺逆，各爱身家，勿受煽惑，自贻伊戚。各省长官，皆能力保治安，军人尤深明大义，均任守卫地方之责，务望各以爱国勤勉，恪尽厥职，用副予视民如伤，谆谆诰诫之至意。此令。”
袁世凯对蔡锷更是恨得咬牙切齿，以政事堂名义通令各部署，凡与蔡锷有关的人一律予以撤职，在各省中和蔡锷有关的人，也都撤职。结果，在各省机关的云南籍职员以及是蔡锷的旧属都受到迫害。
袁世凯又命湖南巡按使沈金鉴，查抄蔡锷湖南原籍的财产。而蔡锷为官多年，虽然名满天下，却没什么资产。蔡锷的家人老夫人和妻子等早有准备，不知躲到了何处。只有一个兄弟是办木厂的，早已和蔡锷分了家。
蔡鄂本人只在杨度所办的华昌公司有少许股份，于是就把这股份没收。
袁世凯一方面对蔡锷大动干戈，另一方面又想通过软化的手段，使得蔡锷能够“浪子回头”。他知道蔡锷是个重情重义之人，李经羲是蔡锷的老上司，也是他将蔡锷一手提拔起来的。袁世凯找到李经羲，打算在局势许可时派李赴云南做蔡锷的工作。
为此，袁世凯特别赏赐李经羲貂裘一袭，李接受袁的貂裘后，曾有谢恩折：“上赐貂皮外套，光采非常，裁量恰合，举家惊宠，望阙感惶！”等语。
与此同时，袁世凯又把已经冷落许久的熊希龄找到北京来，熊希龄奉诏于民国五年年一月十六日抵京谒袁。
熊希龄是蔡锷的好朋友，熊任国务总理时，曾保荐蔡锷为湖南都督。袁世凯请熊南下，去云南说服蔡“悔罪自投”，当可“不究既往”。
此外，还想派云南人朱家宝、丁槐等为云南宣慰使，要他们去“诱惑云南军官解甲来归，一律免予治罪。”
熊希龄到北京，表现得很麻木。
当他抵京时有记者迎于车站外，问他对于国体问题的意见，他摸着脑袋说：“我来京之前，未有所闻，在路上看见筹安会的宣言，才知道有这回事，我对政情已隔离了许久，一切都不大清楚，因此对国体问题我毫无意见。”
记者又问他对于新约法的态度如何？
他说：“我不是律师，又没有学习法律，对此亦无意见。”
这些话否认得离了谱，熊希龄难道忘了，光绪年间曾随同五大臣出洋考察过宪政，那时他还是宪政专家的身份。
熊希龄是湖南凤凰人，他组阁时，人们有时亦称熊内阁为凤凰内阁。于是，他这次入京，被戏称为“有凤来仪”，是洪宪朝的祥瑞。
然而这位凤凰有自己的打算，二月八日，他假口南下疏通，便一去不返。
云南以边僻一隅来对抗袁世凯，在形势上来说，强弱之势任人皆知是很悬殊的。二次革命，国民党几乎握有半壁山河，和袁一开火，就迅告失败。而现今的云南和当时的国民党，根本不在一个档次上。
当然，云南也有它有利的条件。在地理因素上，云南山地多，城镇大多居高临下，易守而难攻。云南的军队骁勇善战，并且极能吃苦耐劳，是北洋军无法相比的。
唐继尧在一次军事会议上，曾面分析了整个战略形势，言道：
“云南东北与川黔桂毗连，出师形势关系甚钜。兹就三省地势言之，贵阳为滇南门户，辰沅为湖南西门，以云南为根本，奋师东征，以一支上辰沅经新化取长沙；以一支由辰沅下沅水取常德，取长沙，北向岳州逾洞庭之险以有武昌；常德取，北扼虎渡规荆州以指襄阳。有武昌则长江之消息通，有襄阳则中原之消息通，不出旬月，东南大势俱属云南矣。
“此上策也！要之云南之险，不在云南而在西蜀，以云南为根本，大举东上，以一支出叙、沪进渝、夔下宜昌、武汉，以一支出宁远过成都上泯洮赶秦、陇，如是则以西南而忽据西北，天下视听必且一新，以为亚夫之兵从天降也。此亦上策也！若夫南宁者，广西心膂，梧州者，西江上游，由云南展膂而东，驻师梧州，以一支东下广州，封城绵远，田壤沃饶，大海南环，五岭北阻，北出则可以震动江左，东出则可以进据闽浙，以一支由梧州向桂休逾衡、永、浮湘直下，长岳既得，武汉震惊，此中策也，故据以上所论，我可发展之时机可分为三：（一）我军势力完达到黔、桂、蜀三省。（二）我军由黔、桂、蜀以达武汉，闽、浙、秦、陇。（三）向闽、浙之兵以取守势，进秦陇之兵相机威迫袁军右侧，然后以武汉主力大举北向。今拟两策并用，三路出师。”
就是在这次军事会议上，有三个重要的问题引起争论，其一为：起义讨袁后应该成立一个什么型式的机构？当时有的主张成立元帅府，有的主张设立军政.府。
但是，这样相当于另立中.央，蔡锷和唐继尧都认为不妥。既不能包办讨袁，也不能让世人认为己方是争权夺位，“当示天下以公”。于是决定保留地方建制，把袁世凯所派的地方官制“将军”和“巡按使”合并，恢复都督府，召集省议会。
其二、起义讨袁后，义军应如何称呼？当时有的主张称讨贼军，有的主张称定乱军，最后决定用李梓畅所建议的护国军。护国的含义是维护中华民国国体，这样就更加出师有名。
其三、护国军云南都督应由谁担任？唐继尧推蔡锷，蔡锷推唐继尧。
唐继尧的理由很充分，说蔡是他的学长（蔡是日本士官三期，唐是日本士官六期），又比他长一岁，蔡且一直是他的长官，他回任滇督也出于蔡的推荐，蔡“在国内外都有大名足资号召”，所以诚心诚意地推荐蔡出任云南都督。
可是蔡锷力推唐继尧也有理由，护国兴师举义赖云南，唐是云南人，蔡自己是湖南人，主客之势已成，自己不能喧宾夺主。何况唐督滇已有三年，在云南已有基础，所以也是诚记诚意地推让唐为都督。
两位贤者的谦让，令人感动，成为民国历史上的佳话。