七月十四日，黎元洪下令惩治帝制祸首：“自变更国体之议起，国扰攘，几陷沦亡。始祸诸人，实尸其咎。杨度、孙毓筠、顾鳌、梁士诒、夏寿田、朱启钤、周自齐、薛大可均拿交法庭，详确讯鞠，……余悉从宽免。”
护国军方面提出的惩治帝制祸首是十三人，即所谓的“六君子”和“七凶”，合称十三太保。经各方讨价还价，黎元洪中间调和，最后定为以上八人。
此前的六月十日，黎元洪已下令撤销了袁世凯搞的那个陆海军大元帅统帅办事处。加上恢复旧《约法》和国会及惩治帝制祸首，这也被称做黎元洪上任大总统三把火，大得人心。
恢复旧了《约法》和国会，惩治了帝制祸首，护国的目标已基本达成。不久，唐继尧、岑春煊、梁启超、刘显世、陆荣廷、陈炳焜、吕公望、蔡锷、李烈钧、戴戡、刘存厚、罗佩金、李鼎新等联合通电撤销西南军务院，声明国家一切政务，静听元首、政.府和国会主持。
国内矛盾缓和，南北也初步达成了统一，人们对国家的前途满怀期待。
黎元洪和段祺瑞，一个是总统，一个是国务总.理，这两个人的组合真的很不错。前面说过，当时的中国，最有实力的军事集团是北洋军，虽然，袁世凯死后，北洋系有些群龙无首，但段祺瑞基本上还是能够掌控的。而黎元洪在当时，即使没有能力把各方完的凝聚起来，但还是能在很大的程度上协调各方面关系的。
这两个人，个人品质都不错，也都有治国理政的能力。
历史给了这饱经苦难的国家以机会，假如黎元洪和段祺瑞能够精诚合作，假如总统和国务总理能够形成合力，只可惜这两个人根本搞不到一起。
有人说，在袁世凯时期，内阁的责任制一直是可望而不可及的。像袁世凯那样的死死地把什么权力都抓在手中的总统，内阁的责任制当然无法实现。到了黎元洪当总统，段祺瑞为国务总理时，内阁的责任制是真的实现了，只是过了头。
段祺瑞这个总理和总统黎元洪的关系不睦，既有近因也有远因。
前面说过了，黎元洪当了副总统后，袁世凯一直想把黎元洪从湖北老窝挖出来，几次不能得逞后，直接派人去逼请。黎元洪一上火车，就直接由逼走黎元洪的人，把湖北都督的位置占上，我们知道，这个人就是段祺瑞。
段祺瑞署理湖北的时间虽只有几个月，但他干了件事，把湖北的军队裁撤了，用北洋军取而代之。这其实是把黎元洪的老窝给端了，黎元洪对此能不心存芥蒂吗？
两个人合不来的一个重要因素，是段祺瑞压根就没看得起黎元洪。军人是讲官阶的，民国前两个人的官职固然是其中的原因，但还有更重要的。
黎元洪的床下都督的说法虽是谣传，但已经是真假难辨并广为流传，别人信不信不知道，反正段祺瑞是深信不疑。平白无故捡个大都督当就是了，这一不留神又捡个大总统当，段祺瑞能服气吗？
如果段祺瑞是个善于掩饰的人，是个心口不一的人就好了，但是，段祺瑞又正好是个真性情之人，有什么心事，一定要表现出来。
黎元洪脾气是不错，但毕竟是大总统，所谓狗尿苔不济，长在了金銮殿上，这最高领导的面子总是要要的。段祺瑞的鄙视，让黎元洪如何受得了？
在段祺瑞看来，我给你黎元洪个总统当，你捡了个大便宜，就好好当个橡皮图章就是了。捡了便宜就不要卖乖，什么事都不要管，免得添乱。
如果黎元洪是个只想当官不想管事的人，那就好了。可惜他不是，而是个责任心特别强的人，是个在其位必谋其政之人。
一开始还可以，黎元洪在裁撤陆海军大元帅统率办事处时，因为这是袁以总统的身份抓军权的机构，袁在世之日和段闹得最不愉快的，就是这个机构。黎当总统，段肯定也不能再让这个机构存在，对此，段祺瑞自然积极支持。
而段祺瑞在下令裁撤京畿军政执法处时，因为这是袁的特务机构，也是被各方最痛恨的机构，黎元洪也深受其害，当然拍手称快。
但是很快，不愉快的事就来了。
都知道徐树铮是段祺瑞的智囊和心腹，因徐曾是袁世凯所最憎恨的人。段在袁政.府出任国务总理时，就为了要派徐树铮为国务院秘书长而和袁闹得极不愉快。现在袁世凯这个障碍没有了，段当然要启用徐了，所谓一朝天子一朝臣。
让人想不到的是，黎元洪更讨厌这个徐树铮。
徐树铮（1880年—1925年），字又铮，号铁珊，又号则林，江苏萧县（今属安徽）人，因区别于同时期的另一政治人物徐世昌，人称“小徐”。
他出生前其父父亲徐忠清（又名徐世道）和母亲岳氏已经生育两个儿子和四个女儿。当时，徐忠清已有四十七岁，而岳氏也有四十五岁，徐树铮的出生对他们来说可谓老来得子，因此对徐树铮格外疼爱。正如徐树铮所回忆的那样：“树铮于昆弟序最幼，先考妣抚爱规教，倍切于兄姊”。
徐树铮出身于一个耕读之家，他的祖父徐兰因躲避太平天国之乱而逃到了徐州城外的醴泉村定居。他的父亲徐忠清原本是一个乡村塾师，一八七三年被选为拔贡生；母亲岳氏为徐忠清之继室，其家族自称岳飞后裔。
徐树铮的外祖父岳封叔是个看相先生，因看中徐忠清有富贵之相而将女儿嫁给他。徐树铮从小生长在这样一个乡村知识分子的家庭环境中，自幼深受儒家熏陶，并且聪明伶俐，乡里争传他“七岁能诗”，誉为神童。
十三岁那年（1892年）考中秀才，四年后以岁试第一等第一名的成绩补廪生，可谓少年得志。
徐树铮文武双，才华横溢，著有阐述他政治思想的《建国铨真》及文学作品《视昔轩文稿》《兜香阁诗集》《碧梦庵词》等。
公平地说，这徐树铮是有才气的，但这样年少得志的人很容易有一个毛病——目空一切，谁都不看在眼里。而徐树铮不但有这个毛病，而且要加个更字。不是一般的目中无人，简直是专横跋扈。
这种人并非有什么大毛病，但在人群中往往是最讨人嫌、最难与人相处。
说徐树铮目中无人吧，倒也不是，只不过他就服一个人，就是段祺瑞。别人他都不放在眼里，就是威风八面的袁世凯也不例外。
段祺瑞要任命徐树铮为国务院秘书长，虽然这用不着请示黎元洪，但是却又绕不开黎。因为按临时约法，徐的任命必须总统和国务员联署。
当时任总统府秘书长的张国淦为此请示黎元洪时，好脾气的黎元洪当时就火了，一个根本不拿他当回事的段祺瑞已经让他很难受了，再加上这么个国务院秘书长，不是要他命吗？当即表示，什么事都可以商量，用谁都可以，就是徐树铮不行，不行！绝对不行！
张国淦知道这件事非同小可，也知道黎元洪不同意不行，想劝黎元洪几句。
每一次不管什么事，黎元洪都能认真的听他说话，这一次黎元洪变了个人。
“不行，绝对不行，没有商量的余地，你这就去回复我们的段总.理。”
黎元洪根本不让张国淦说话。
张国淦做难了，这要是如实回复段祺瑞，这两个人肯定要即刻闹僵。琢磨了老半天，也没想出办法，只好去搬救兵，去找徐世昌。
徐世昌听了后，想都没想，对张国淦说：“请秘书长转告总统，什么事都可以不好商量，用谁都可以说不，只有这个小徐不行。如果大总统不想为一件小事搞得鸡犬不宁，就听我这旁观者一次。”
当张国淦把徐世昌的话转达给黎元洪时，黎元洪也已经冷静下来了，虽然不愿意，也只能咬着牙同意。
段祺瑞这一次是真的错了，他想怎么重用徐树铮都可以，就是不能让他当国务院秘书长。本来他和黎的关系就不好处，如果有一个会处事的常和总统打交道的秘书长，说不定能从中缓和矛盾，但是，两个人中间加上徐树铮这样的家伙，不是火上浇油吗？
段祺瑞并不是一个非常勤奋的总理，大小事务多委之于秘书长徐树铮，而徐又正愿意自作主张、越俎代庖。有这样一个恃才傲物的人物，常奔走于府院之间，可想而知，黎元洪会怎样的不好过。
有一次，徐树铮拿着一份委任状请黎元洪盖总统印，黎问起其人的履历，徐竟然回答道：“当今实行内阁制，总统您何必多问！我很忙，您还是快点盖印吧！”
黎十分愤怒，对左右说：“我本来不要做什么总统，你看他们眼中哪里有我！”
而段祺瑞对徐却每每纵容，有一次徐以辞职要挟黎元洪，段祺瑞竟为他说情，说他“为人耿介，不屑妄语”云云，甚至于说“凡徐所为，本人愿负其责。”黎元洪等听了，都觉寒心。因此，最初的府院之争，可以说与徐树铮关系极大。