奉军战败后，徐世昌于一九二二年五月五日下令饬奉军退出关外。
令云：“前以直隶、奉天等处军队移调近畿一带，迭经令饬分别撤退，乃延不遵行，竟至激成战斗。近数日来，枪炮之声不间昼夜，难民伤兵，络绎于道，闾阎震惊，生灵涂炭，兵凶战危，言之痛心。特再申令，着即严饬所部，停止攻击。奉天军队即日撤出关外，直隶各军亦应退回原驻各地点，均候中央命令解决，务各凛遵！此令。”
另有一道命令是查办战争罪魁的。
令云：“此次近畿发生战事，残害生灵，折伤将士，皆由于叶恭绰、梁士诒、张弧等构煽酝酿而成，实属罪无可逭。叶恭绰、梁士诒、张弧均着即行褫职，并褫夺勋位、勋章，逮交法庭，依法讯办！此令。”
直奉战争的罪魁，竟落到了这几个人头上，真是比“窦娥”还冤枉。
有人劝梁士诒发通电予以驳斥，梁说：“洪宪之役我也是罪魁祸首，替人受过，今天又何异于前。张江陵答吴尧山说：二十年前曾有一弘愿，愿以身为蓐荐，使人寝处其上，溲溺垢之，吾无间焉，有欲割取吾耳鼻者，吾亦欢喜施与。我虽然不敢自比江陵，但亦心响往之。查办令下，正好放舟海上，回家侍奉老父。”
五月四日晚有一通长途电话从北京打到天津梁士诒的寓邸，请梁亲听，打电话的不是别人，正是代理国务总理周自齐。
周说：褫职令将下，自己代理总理，应该副署，可是深感对不住数十年的老朋友，所以先行奉告，请求谅解。同时劝梁即日离津，怕未来局势变化无法控制。
梁答：“谢谢子廙（周自齐）兄，并请代我转谢东海（指徐世昌）。多承关爱，永铭五内。我们两人相交数十年，亲若手足，将来历史上记载说周自齐副署查缉梁士诒，也是政治史的一段趣话呢！”
叶恭绰褫职后，由高凌霨代理交通总长。
五月七日,梁士诒偕叶恭绰、刘展超、郑文轩、王季子、黄质中、李达牧等离天津赴日本。
吴佩孚击败奉张后，威名愈发大震，蒋方震曾称道吴是中国武将中最杰出之将才。
直军告捷后，吴佩孚赴曾经的奉军大本营军粮城视察，五月七日由军粮城回到天津。这时他的声望之高，到了，中外旅津人士都纷纷要求晋谒这位秀才出身的吴大帅。
已经得意忘形的吴佩孚，在接见这些人士时，高谈阔论，昂然自得，听者击节赞赏，五体投地。
趋炎附势之徒，皆以能见吴将军为荣，或者则奔走欢告说吴将军厚我！
吴佩孚在天津也和许多北洋元老见面，曾做过东三省总督的赵尔巽觉得自己面子大，见吴佩孚目空一切的样子，劝吴“勿为已甚，适可而止”。本是一番好意，但吴却很不屑。
冷冷地瞟了赵尔巽一眼，傲然说：“从前提拔张作霖的，就是您，胡匪祸国家，追源溯始，您也该负责任，还要替他说情吗？”
气得赵尔巽脸都青了。
吴佩孚一再催促北京政府下令惩办张作霖，同时自愿辞去两湖巡阅使。
五月十日，北京政府下令裁撤东三省巡阅使，张作霖免去本兼各职，听候查办。
五月十一日北京政府再令裁撤蒙疆经略使，并根据直系意见，调吴俊升为奉天督军，任命冯德麟为黑龙江督军。
同一天，东三省议会联合会和沈阳各团体通电不接受北京政府罢免张作霖的“乱命”。第二天（5月12日）张作霖在滦州宣布独立，改称奉军总司令，并发表对外宣言：
“……对于友邦人民生命财产力加保护，所有前清及民国时期所订各项条约，一概承认，此后如有交涉事件，请迳行照会滦州本总司令行辕。自本月一日起，所有北京政府订立关于东三省、内外蒙、热河、察哈尔之条约，未得本总司令允许者，概不承认。”
由于张作霖独立，北京外交部亦照会各国公使：“今后东三省一切事务，非经中央政府核准，概作无效。”
奉军战败后，日本外相内田发表了对东三省局势严守中立的宣言。内田宣言不过是外交烟幕，实际上日本的野心分子都主张支持张作霖独立，吴佩孚一再攻击亲日派，这些人对吴很反感。东京也有“张作霖后援会”的组织。
六月四日张作霖自称为东三省自治保安总司令，再一次发表了“闭关自治”的宣言，并派孙烈臣为前敌总司令，杨宇霆为参谋长。
杨宇霆（1885年8月29日—1929年1月10日），字邻葛，奉天法库（今沈阳市法库县）蛇山沟村出生，祖籍宋道口镇代岭村。
日本陆军士官学校第八期步科毕业。历任奉军参谋长、东北陆军训练总监、东三省兵工厂总办，奉军第三和第四军团司令，江苏军务督办，安参谋总长，东北政务委员会委员，国民政府委员。
张作霖死后，杨以东北元老自居，时常管教张学良。他反对东北易帜，东北易帜典礼当天拒不参加集体留影。日本人也从中挑拨张杨关系。
一九二九年一月十日，杨宇霆与黑龙江省主席常荫槐向张学良提出成立东北铁路督办公署的要求，张学良推说晚餐再说。后召警务处长高纪毅进府，晚上杨宇霆与常荫槐被高纪毅、谭海率领六名卫士杀害于“老虎厅”，奉天称此事件为“杨常事件”。
南方与奉、皖系一直有秘密接洽，结成三角同盟。四月下旬第一次直奉战争爆发时，南方大总统深感这是联合奉、皖系，夹击直系的千载良机，必须立即出兵策应。
但出乎意料的是，直奉开战，不到一周，奉军便被吴佩孚击败，狼狈退回关外，南北夹击直系的计划，化为泡影。
但南方的北伐，却如弦上之箭，不得不发了。
五月八日，南方大总统委任陈炯明的部下叶举为粤桂边督办，以示对粤军的信任。
五月九日，南方大总统在韶关大誓三军，旌麾北指；“出师宗旨，在树立真正之共和，扫除积年政治上之黑暗与罪恶，俾国家统一，民治发达”。
然而陈炯明的部下叶举，对南方大总统的信任并不领情。
五月二十日，他率领六十多营粤军，突然开入省城。
粤军虽然打着迎陈复职的旗号，但内部已经开始分化。
一派要求陈炯明马上回省，恢复所有职务，镇摄大局；另一派则不满陈炯明对南方大总统的态度过于软弱，希望由叶举来领导粤军，与南方大总统彻底决裂。如果陈炯明不同意，就请他出洋，或者继续留在惠州休养。
五月三十一日，上海《申报》的一篇文章，透露了粤军内部的分歧：“现在陈之部曲，亦分两派，一主张陈氏即速回省，则大局立定；一主张陈氏不可造次，俟解决完妥后，始可返省。”
陈炯明则在惠州隐居。各界吁请陈炯明回省的函电，铺天盖地，见诸报端；前往劝驾的使者，车水马龙，络绎不绝。
甚至连陈独秀也到了惠州，劝陈炯明不如加入共产党，领导华南地区的革命。
一九二二年六月一日，南方大总统率领两个营的警卫，从韶关返回被粤军重重包围的广州。
六月二日，南方大总统在总统府设宴招待粤军将领，竟没有一个高级军官应邀前来，只来了几个中下级军官。
他对那几个小军官说：“告诉你们的长官，不要以为据守白云山，便可胡作非为，我立刻上永丰舰，升火驶入东江射击你们，连你们的根据地也一并铲除！现在东江水涨，永丰炮舰可以直行驶入陈炯明的老巢！”
南方大总统一连拍了三封电报，要求陈炯明立即到广州面商一切，又派人到惠州催驾。但陈炯明拒绝在这个时候到广州，他说，在省城军队撤出之前，他都不打算到广州。显然，他不希望被人误解。陈炯明曾经说过，一旦粤军叛孙，则“天下之恶皆归焉”，这是他所不愿意看见的。
六月十二日南方大总统召集广州各报记者举行谈话会，表示对“陈家军”的态度：
“我北伐的目的，在于打破北方武人的，不料广东军人武武相护，反对北伐。陈竞存（炯明）本人出身秀才，他反对北伐可能是由于政见不同，他的部下反对北伐，却是为了拥护武力。我出兵八月没有获得进展，问题在于武人，在后方掣我的肘。我改道江西北伐，是由于湘赵（指赵恒惕）表示服从，成为我们的友军，所以取道湖南，我们必须走到岳州才能遇见敌人，出兵江西，则走出广东一步就可以遇到敌人。不料陈竟疑心改道是为了要对付他们。我由广西回到广州后，北伐军乘车向北江出发，陈竟存才知道我并无不利于他的企图。但是陈家军由南宁开回，在浔州举行秘密会议，歃血为盟，他们一定要恢复陈总司令的职权，否则誓不罢休。他们经过肇庆、三水、河口开到广州，其兵力共有六十营，这时，北伐军义愤填膺地请求我回师平乱，我劝他们按照原定计划继续北伐，后方问题由我负责处理。
“我回到广州已有十多天，而陈竞存和他和部下没有一个人前来见我，却用兵力威胁，向我索讨军饷。他们口口声声说我不应当罢免他们的总司令。各位都知道，废督裁兵是我回到广东定下的大政方针，总司令是变相的督军，陈竞存没有反对裁撤总司令的任何理由，何况总统有用人行政之权，任何人都不应反对。我今天委曲求全，派陈竞存以陆军总长兼办两广军务，算是仁至义尽。而陈系军人却继续张牙舞爪，我回广州如果自己没有把握，决不会投入陈系六十营军队的大包围中。我为了保全广州秩序，今天特请舆论界来讲讲道理，希望你们在十天内将陈系军人不法行为尽量揭露，告诫他们全部移驻广州城外三十里，听候宽大处置，否则我一定顺从民意，加以驱逐。有人叫我孙大炮，我以前用炮打过莫荣新，今天将以同样的大炮去打这些不听命令，目无法纪的陈家将！”