六月十三日上午，张怀芝来见黎元洪，转达冯玉祥的话：“总统不应该指军警索饷为别有用心。本军欠饷达十一个月，而总统还要把持崇文门的税收，不放本军全体官兵一条生路，我们当然干不下去，只好辞职了。总统挽留我们而不解决欠饷问题，我们留下来如何对官兵交待？请向总统要求，于十二小时内发给三百万元欠饷，否则本军自由行动，本人不能负责。”
张怀芝对局势也很悲观，他认为冯玉祥、王怀庆等的态度已很明显，丝毫没有磋商的余地。
张走后，黎元洪叫秘书刘远驹来，把先一天的七道命令交印铸局发表。
同时咨请国会撤销辞职，文云：“本大总统去年复职之始，曾补行公文，向贵院声明辞职在案。现在国难方殷，万难卸责，特向贵院声明，将去年辞职公文撤销，即希查照。”
另有函致国会和外交使团，函云：“本大总统认为在京不能行使职权，定本日移津，特闻。”
黎还有通电宣布离京去津经过，声明本人自去年复职以来，唯一目的在于完成宪法，决无延长任期和竞选总统的用心，而此次个人自由受到侵犯，不能行使职权。“曹巡阅使迫在咫尺，迭电不应，人言啧啧，岂为无因……万不得已，只得将政府移往天津，所望邦人君子，鉴谅苦衷，主持正义，俾毁法夺位之徒，绝迹吾国。……”
各项手续办理完竣，已经是下午一点二十分了。因害怕在军警监视下不能逃出北京，便由金永炎托词到天津去迎接张绍曾回京复职，出面向路局要了一辆专车；自己则托词出席众议院提出辞职，即在美籍顾问福开森、辛博森的掩护下，偕同新任陆军总长金永炎，侍卫武官唐仲寅，秘书韩玉辰、熊少禄等十余人及卫队四十余名驰赴车站，匆匆乘车赶赴天津。
黎离京的当天，六月十三日下午四时，冯玉祥、王怀庆、聂宪藩、薛之珩等在京畿卫戍总司令部召开紧急会议。议决根据黎的挽留命令宣布复职，负责维持北京治安。
在保定一直装聋作哑的曹锟，也致电北京军警长官，令其保护国会及各国侨民，俨然已是北京城的主宰者。
黎元洪到天津后，因为总统印信问题，在天津车站，被困在火车上。黎的公子黎绍基赶来新站探视乃父，竟被军警阻止。这些军人简直把总统当成俘虏，当成犯人。
黎元洪在车厢中，曾举枪自杀，被人把枪夺下。枪弹已射出，没有打中要害，仅负微伤。
黎从被困的车上返邸后，立刻发表一道通电。
电云：“本日致参众两院公函，报告在津受迫情形，其文曰：径启者，昨日元洪以连日军警借口索薪，无业流氓逼请退位，显系别有作用。情势险恶，迫不得已，暂行移赴天津，一面另行任命阁员，以维现状。而是日下午三时，行抵杨村，即有王省长承斌等坐车监视。抵天津新站，王承斌即传令摘去车头，百般要挟，数千军警密布，坚不放行。始则要求交印，迨交出后，复要求发电辞职，交院摄行，否则羁禁车内，永不放行。旋出所拟电稿，迫令签名。直至本日早四时，方得自由回宅，此在天津新站被迫情形也。窃维被强迫之意思表示，应为无效，此为通行法例。王承斌以行政长官监禁元首，强索印玺，古今中外皆所罕闻。应如何维持法统，主张正义，敬希贵会诸君，迅议办法，是为至盼等因，特电布达，希查照。”
六月十三日，黎元洪出京后，留京的拥曹派阁员高凌霨等假惺惺发表一则通电。
电云：“昨夜上黎大总统一电，文曰：天津探投黎大总统钧鉴，本日钧座赴津，事前未蒙通谕，攀辕弗及。北京为政府所在地，不可一日无元首，合恳钧座即夕旋都，用慰喁望。凌霨等各位阁员，谨暂维本日行政状况，只候还旌。伏希迅示等因，合电达。”
黎元洪在天津寓邸收到这通北京来电，气得浑身发抖，当即复电：“北京高津畬、张月笙、李承梅、吴秋舫诸先生鉴：元电悉，盛意极感，执事等呈请辞职，挽留不得，已于元日上午有依法副署盖印命令发布，准免本兼各职，并特任农商总长李根源兼署国务总理，请稍息贤劳，容图良觌，特此复谢，并转沈次长为荷。”
黎元洪复电到京后，北京方面拥曹派立即采取行动。十四日下午一时，高凌霨（内长）在国务院召集特别会议，列席者包括张英华（财长）、李鼎新（海长）、程克（司法）、沈瑞麟（外次）、孙多钰（交次）和陆军检阅使冯玉祥、京畿卫戍总司令王怀庆、步兵统领聂宪藩、警察总监薛之珩等。
高凌霨发言，略谓黎大总统既然通电辞职，依大总统选举法之规定，应由国务院摄行职权。张总理又在天津，节关日迫，在座同仁应以国家为念，共同维持现状，勉任艰钜，同时要请财政部速行筹款，尽于端阳节前拨付各机关经费。与会人士纷纷发言，讨论结果，作出几项决议：
（一）总统辞职问题，议决由国务院通电，声明依法代行大总统职权，并用电话商请吴交长，即日前往保定接洽国务院摄政办法。（二）节关财政问题，议决由财政部负责筹款，所有军警饷项及各机关经费，均赶于节前二日发放；至京师治安，仍由各军警当局负责维持。乃由高凌霨领衔发出通电云：本日奉大总统寒电，本大总统因故离京，已向国会辞职，所有大总统职务，依法由国务院摄行，应即遵照，等因奉此。本院谨依大总统选举法第五条第二项，自本日起，摄行大总统职务，特此通告。
六月二十日，黎元洪从天津致函两院及外交团并通电全国。
电云：“有人假借国务院名义，擅发铣日通电，内称各节，语多谬妄。查元洪为暴力所迫，认为在北京不能自由行使职权，乃于元日离京，参众两院及公使团均经函达有案。国境以内，随地也可以行使职权，即越境出游，各国亦有先例。此次出京，何得谓为离职？《大总统选举法》第五条第二项之规定，系指大总统因故不能执行职权，副总统同时缺位时而言，所谓因故之故，当然以本身自然之故障为限。若谓胁迫元首，为法律所定因故之故，国会加以承认，是不啻奖励叛乱，开将来攘夺之恶例。
“至元洪由京移津，并非离职，更不得妄为援引。且前总理张绍曾、前总长顾维钧、高凌霨、张英华、李鼎新、程克、彭允彝、吴毓麟等早经辞职，经于文日由国务员李根源依法副署命令，准免本兼各职，元晨盖印，交印铸局发布在案。高凌霨等既经免职，国务员资格业已丧失，尤不容任其假借。六月十三日上午，元洪尚在北京，所发命令，手续并无缺误，国会依何法律可以追加否认？即元洪出京以后，仍为在职之大总统，所发命令，只须有国务员依法副署，自应一概有效。若夫个人文电，其无关政令者，更非国会所得干预，至六月十六日两院不根据法律私开会合会，其人数及表决，率意为之，尤为不合。
“元洪迟暮之年，饱经凶衅，新站之危，已拼一死以谢国人，左轮朱殷，创痕尚在，夫以空拳枵腹，孤寄白宫，谓为名则受谤多，谓为利则辞禄久，权轻于纤忽，祸重于邱山，三尺之童亦知其无所依恋，徒以依法而来，不能依法而去，使天下后世知大法之不可卒斩，正义之不可摧残，庶怙兵干纪之徒有所畏而不敢出，虽糜躯碎骨亦所甘心。国会若以元洪为有罪，秉良心以判之，依《约法》以裁之，元洪岂敢不服。若舞文弄法，附合暴力以加诸无拳无勇之元首，是国会先自绝于天下后世也。元洪虽孱，决不承认。自今以往，元洪职权，未得国会确当之解免，无论以何途径，选举继任，概为非法，特此声明。”
二十日黎下令补任唐绍仪为国务总理，唐未到任前，仍由李根源代理总理。
黎在天津并不能自由拍发电报，这些电报都派人到上海拍发。
黎打算通过唐绍仪以示好南方，寻求反直的各派来支持他。
李根源随黎元洪到了天津，奉派代理国务总理，他有一封信给唐绍仪，可看出黎的打算。
信函云：“少川先生鉴：前上一函，度承惠察。总统之意。俟国会政府移至南方，即将大政交院摄行。遇有重要事宜，仍愿负责主持。至于大位问题，宜从根本上着想，不当使军人干位之事，再行发现。最好为一劳永逸之计，将总统制改为委员制，依照瑞士成法云云。闻南方政见多歧，先生主持其间，定有良策。总统嘱以此意录呈，以备参考。伏维鉴纳！总统不久即可至沪，正式组织政府。惟请我公全权主持，务乞大力先期筹备。专此敬请勋安！李根源敬启，六月二十日。
“再根源素怀关于立国根本大计数事。并附呈：（一）总统选举，不专属之国会，须要各省省议会各法团共之。（二）现役军人不得当选总统，必退役二年以上，始得当选。（三）总统不得连任。（四）促进国宪，并分订省宪。（五）厉行裁兵，全国常备兵额，不得超过三十万人。（六）首都驻兵二万人，由各省区分配轮流派遣。”
黎元洪到天津不是为了逃命，而是换一个地方行使总统的权力。他对外一再声称，他的总统职务并未因到天津而解除，现在仍然是合法的大总统。
在北京也有一批拥护黎元洪的议员，他们对直系的恶行深表不满，联袂到天津，向全国发通电支持黎元洪。
广州的孙中山、云南的唐继尧、东北的张作霖、浙江的卢永汉等人，也都发声，对直系大兴讨伐。