1892年春，蔡元培再次赴京补应复试、殿试。复试后被列为第三等（补试不能列入一、二等）。
接着参加在保和殿举行的殿试。
殿试只考策论，蔡元培充分发挥了博览群书和博学强记的优势，对其中有关西藏的策论题，详述其山川道里、行政沿革，且广证博引，对答自如。
本年会主考官为户部尚书翁同龢，殿试阅卷大臣为工部左侍郎汪鸣銮。
结果，蔡元培考取第二甲第34名进士。
本科的状元、榜眼、探花分别是刘福姚、吴士鉴、陈伯陶。同科考中者还有：唐文治、叶德辉、汤寿潜、张元济、屠寄和沈宝琛等。
我们能够看到，这其中的张元济，是对蔡元培后来的人生，极为重要之人。
对于殿试，蔡元培回忆说：“上来，殿试是专讲格式不中内容的，只听说张香涛氏(张之洞）应殿试时不拘格式，被取一甲第三名。我那时也没有拘格式，而且这两年中也没有习字。仍是随便一写，但结果被取为二甲进士。闻为汪柳门（汪鸣銮）先生所赏识。有位阅卷大臣，说此卷的字不是馆阁体。汪说，他是学黄山谷的，于是大家都在卷子后面圈了个圈，就放在二甲了。”
如果是专为了练字而故意拖后两年，两年里为什么不练参加科举需用的馆阁体呢？这和前边说过的后一种说法不是很矛盾吗？
黄山谷就是被称为宋“四大家”之一的黄庭坚，他自号山谷道人，书法在当时是很受推崇的。
此后又通过朝考，蔡元培被点为翰林院庶吉士。
庶吉士，亦称庶常。其名称源自《书经?立政》篇中“庶常吉士”之意。是中国明、清两朝时翰林院内的短期职位。由科举考试中进士的人当中，选择有潜质者担任。为皇帝近臣，负责起草诏书，有为皇帝讲解经籍等责，为内阁辅臣的重要来源之一。
清雍正以后，选官更为严格，庶吉士由皇帝主持之朝考决定。
该职一般为期三年，期间由翰林内经验丰富者为教习，授以各种知识。
三年后，在下次会试前进行考核，称“散馆”。成绩优异者留任翰林，授予翰林院检讨，正式成为翰林，称“留馆”。
其他则被派往六部任主事、御史；亦有派到各地方任官。
和所有新科进士一样，蔡元培要留在京城盘恒一段时间，期间一个重要的活动就是拜会各方人士。
按照惯例，通过考试的同科士子都要去拜谒主考官翁同龢。其实，这也是例行公事、走一走过场。
大概因为这样，翁同龢对一批批的来访者中的大多数人其实并无印象，他在自己的日记里往往简单地记下“新庶常来者八九人”“新门人两人来见”，连名字也不记。当科的状元、探花来访，也只记了“刘福姚来见”，“陈生伯陶来”而已，惜墨如金。
有意思的是，在1892年6月1日的日记里，翁同龢记道：“新庶常来见者十余人，内蔡元培，乃庚寅贡士，年少通经，文极古藻，隽材也，绍兴人，号鹤青，向在绍兴徐氏校刻各种书。”
这真是有些奇怪，他对蔡元培的印象深刻，简直是刮目相看。是不是因为蔡元培的“怪八股”呢？或者是对其有关西藏的策论题，详述其山川道里、行政沿革，且广证博引，对答自如印象深刻。
短短四年里，蔡元培乡、会试连捷，挤身翰林文苑。其踌躇满志，自不待言。而作为光绪皇帝老师的翁同龢是何等人物呀？能得到这样的朝中重臣的青睐，是何等的荣耀呀！
一时间，年纪轻轻的蔡元培，成了“声闻当代，朝野争相结纳”的名人士大夫了。
从清朝中叶以降，殿阁大学士、总督、巡抚、军机大臣这些朝廷的要职，大多系翰林出身。对于蔡元培来说，诱人的政治前景正在向他频频招手。
“点翰林”之后的第二年，蔡元培的大部分时间是在外地游历中度过的。
初夏时节，他先到宁波，又到上海，然后乘船溯长江西下，游览了南京，镇江，扬州及靖江县。此次出游，他曾有散片日记，载述行程。
秋风乍起之时，他又取道香港来到广州。与在广雅书局任职的陶濬宣等一般朋友，诗文酬酢，观澜华南名胜。
在广州南园，他曾戏作该省乡试题《如有王者必世而后仁》一篇。陶濬宣征得当地名士朱一新、徐琪、吴翔寅的评语各一则，辑印成《蔡太史拟墨》。
在此期间，陶濬宣多次向蔡讲述廖平在广雅书局时，对经学的独到见解，以及康有为为承其学说做成《新学伪经考》，引起士人不同反应等情况。蔡元培对此颇为关注，特意搜求廖康二人已印行的著作，以备研读。
冬天来临时，他又赴潮州，汕头等地。一直到转年的春天，才起程北返。
按说，身为庶吉士，到各地考察风土人情，是必修之课。
但这些等待重用的“翰林”，前途不可限量，谁知道以后能当多大的官？所以，各地官员都争先打点。因为等这些人高居庙堂时，再想亲近就不容易了。反正都是公费，人情可是个人的，何乐而不为。
久而久之，这些新贵人们，也都趁此机会，公费旅游还能赚些外快，被人们称作“鬻文卖钱”。不管蔡元培此行是不是有此意，所谓瓜田李下，人们有这样的看法也不足为怪。
但是，不管怎么说，近一年的游历，蔡元培几乎走遍了自1842年以来最早与海外通商的口岸和地区。这对于一位中国传统教育塑造出来的青年士大夫来说，其意义恐怕不仅仅是在补足“读万卷书”的缺憾，而行万里路。
西方近代文明和洋务新政的清新气息，足以使他扩展视野，更新观念。蔡元培游离广州期间。康有为正在长兴里万木草堂招徒讲学。士林风气的更化和改革潜流的涌动，蔡元培不可能毫无觉察而无动于衷。
尽管上述感受可能尚属朦胧意识，但随着世事的变迁，会逐渐清晰起来的。
1894年春，蔡元培从广东返回绍兴。随即赴京参加散馆考试。这是对翰林院庶吉士进行甄别，以决定任用的一种例行考试。应散馆后，蔡元培被授为翰林院编修。
至此，不满28岁的蔡元培，已经达到了当时读书人羡慕不已的科举道路之极。
接下来，蔡元培便开始了供职翰林院的京官生活。
应同乡先辈李慈铭的邀请，他兼任了李慈铭之子李承候的家庭教师，为其讲述《春秋左氏传》；同时，他还为李慈铭代阅天津问津书院的课卷。此时的蔡元培一个人在京，平素就寓居李家。
蔡元培和李家上下相处得极佳，是个特别受欢迎的人。吃住在李家，也给蔡元培单身汉的生活带来极大的方便。
李府常有官员来拜访，李慈铭总是把蔡元培介绍给大家，这样就扩大了蔡的交往圈子，丰富了其人脉资源。这对于像蔡元培这样的初登政坛的官员，无疑是十分重要的。
广交朋友，是蔡元培的平生极好，我们不止一次地说过，这时候的人们，乡土观念极强。此期间，蔡元培与在京的浙江籍人士王式通、胡道南等人交往尤其密切，经常在一起作诗遣怀。
如果蔡元培一心仕途，如果当时中国的政治没有发生翻天覆地的大变故，那么蔡元培沿着这条路继续走下去，则就可能青云直上、跻身达官显宦之列。
然而上面的两个都没有成真，蔡元培体制外的另类人生书卷，恰恰就从此时开始书写了。
1894年是农历甲午年，是中国近代史上极不平凡的一年。这年，爆发了撼动中外的中日“甲午战争”。
寓居李家，接触人多，消息也很灵通。蔡元培在中日双方，在朝鲜的军事对峙已呈一触即发之势时，就以焦灼的心情关注着事态的发展。
甲午战争以1894年(清光绪二十年)7月25日丰岛海战的爆发为开端，至1895年4月17日《马关条约》签字结束。这场战争以北洋水师全军覆没告终。
古老的东方泱泱大国，一战而败在东邻小邦日本手下。接踵而来的《马关条约》，割地赔款、丧权辱国，举国为之震惊。近代以来，内乱外忧不断，中国屡受列强侵略，但这是最让国人震动的一次。
东方的小岛国居然不知不觉地陡然崛起，而且很快将爪牙伸到泱泱中国，成了耀武扬威的获胜者。
实际上，接下来的50年间，直到抗战胜利，日本这个近邻都是中国最具威胁的敌人，中国的国防策略也基本上是针对日本这个东亚故邻。
同许许多多关心天下事的中国人一样，闻知甲午黄海海战战败的消息，年轻的翰林蔡元培简直不敢相信自己的耳朵。他悲愤交加，与其他朝中的忧国之士一起，在海战发生半个多月后联名向皇帝上奏：
“日讲起居注官翰林院侍读学士臣文廷式等跪奏，为敌情叵测、宜出奇计、以弭兵衅、恭折密陈、仰祈圣鉴事：
“……然倭人乘胜之时，震惊陪都，窥伺近甸，我虽布置严密，尤虑瑕隙未周，比闻倭将以倾国之兵，道出黄海。此时李鸿章既有暮气，而所调诸将，或多新募，或未成军……
“战国之时，秦攻齐，则韩、魏救之，攻韩魏，则赵救之。唐之藉兵，远及大食。宋之谋金，兼约西辽。
“此时倭人得志，势将不利于英；法人与其兵谋，德国亦所深忌。故闻英人颇有藉端与倭开衅之志，兵船五十余号，已尽集南洋。德人亦特厚于我，凡将弁之效力于中国者，其主皆特赏宝星；又任中国购买军火，借资驭敌，此非偏有所厚也，卫我即所以自卫也。……资其兵费，使伐倭人。……伏乞皇上圣鉴，谨奏。
“翰林院侍讲学士臣文海……臣徐世昌……臣蔡元培，修撰臣张骞，编修臣尹铭绶。”
这便是帝党中坚人物，翰林院侍讲学士文廷式领衔的，蔡元培、徐世昌、张骞、丁立钧、黄绍箕、沈曾桐等37人一八九四年十月七日，联名上奏光绪皇帝的《与文廷式等奏请密连英德以御倭人折》