天地会，是清代民间秘密结社组织，以拜天为父拜地为母得名。又名洪门，俗称洪帮。初创时原系下层劳动者互助性秘密团体，后因屡遭清廷镇压，反满色彩日浓。乾隆年间以“顺天行道”，“剃除贪官”及“争天夺国”为口号。嘉庆以后，复提出“兴明绝清”及“反清复明”等口号。清末又增加了反满内容。为对付清廷镇压及便于吸收会众，不断创立新的名称，成为拥有数十种名目的秘密结社系统，因组织分散，未形成统一领导，在同一地区的组织间亦互不统属。
此时在江浙一带活跃着的会党组织，大部分都来源于天地会，是诸多的抗清势力，在斗争失败后保留下来的秘密组织。
因为有相近的目标，这个时候，会党组织便成了革命党人的坚定同盟军。
蔡元培很注重动员了浙江一带的会党人士加入光复会，如徐锡麟等人，从而壮大反清的力量。
光复会积极开展秘密反清活动，上海、嘉兴、绍兴先后是它的活动中心，在日本以及南洋都有很大的影响力。他们通过办报纸、设学校等方式，宣传革命思想，培养革命青年，同时，联络会党，运动新军，准备开展武装革命。
绍兴人的明智与能干的特质，也体现在光复会的这些骨干们身上。徐锡麟运用亲戚的社会关系迅速打入官场，掌握起枪杆子的实权。秋瑾在督办大通学堂时，表面上与绍兴官方打得火热，开学典礼还请知府来讲话。陶成章努力运作，使浙江会党势力日益强大。光复会会员最初只有四五十人，到1905年初增至六七百人。
有句俗话说“秀才造反，三年不成”，其意是说知识分子不满现状，有所抗争，但又软弱胆小，摇摆不定，做不成大事。
到了蔡元培这里，这个词就要升级了，不是“秀才造反”，而是“翰林造反”了。“秀才造反”是“软弱胆小，摇摆不定”，但蔡元培的这个“翰林造反”可是雄猛而刚烈。
当时蔡元培的个人声望，对于扩大光复会在国内的影响起到很大的作用。一时间，蔡元培成了中国东南地区革命活动的核心人物。这一时期，经蔡元培介绍加入光复会的，有黄炎培、秋瑾、柳亚子、刘师培、马宗汉、李燮和、孙毓筠等人。
黄炎培曾说过：“民国成立前七年乙已秋，吾师忽召至其寓庐，郑重而言曰：‘我国前途至危，君知之矣。诸强虎视于外，清廷鱼烂于内，欲救亡，舍革命无他道。君谓然乎？’
“则敬答曰：‘然。’
“曰：‘欲革命，须有组织。否则，力不集，事不成。今有会焉，君亦愿加盟乎？’
“则敬答曰：‘苟师有命，何敢不从。’
“期以某日深夜宣誓，出誓文，中有句：‘建立民国，平均地权，驱逐鞑虏，光复中华。’吾师即指‘平均地权’句说明其理由。小子卒在吾师之前，宣誓加盟焉。”
这一段回忆，栩栩如生地再现了当时场景：文雅瘦弱的蔡元培把坚定的目光投向学生黄炎培，询问他愿不愿意投身救亡革命。而黄炎培则在老师的感召之下，既恭敬又慷慨地回答，老师的命令，后生小子怎么敢不听？
这时的蔡元培，极力要干的是就是推翻满清封建王朝。他所从事的各种社会活动，都是从反封建的革命需要出发的，与当时整个革命的发展形势相一致，他的活动成为中山先生所主导的革命的重要组成部分。
虽然同样是干革命，比起那些会党首领的粗质豪爽，以及年轻学生的奔放热情，蔡元培终究是要多几分书卷气。
“元培德行有余，而方略颇短，性又好学，不耐人事烦扰。”光复会党创始人之一的陶成章，曾这样形容身为光复会会长的蔡元培。
这或许是书生闹革命的一个侧影吧，既有舍生而取义的节操、高绝的理念，但却不太谙于实务，善于把握宏观的大方向，一到具体细致的工作又有点儿挠头。但是，蔡元培儒厚的风格、赤诚的人格和亲和力已经足以使他得到诸多同志们的敬重了。
北大学者张寄谦曾这样评价蔡元培：“纵观晚清数十年间，以名翰林而毅然抛弃前程、背叛本阶级、投身推翻清朝的革命，以后又能毕生坚持爱国事业的，仅蔡元培一人而已。”
再放大里说，自唐代迄于清代，1200多年间科举制度下产生的翰林何其多。但主动参加革命党，去“革”给予自己身份、名位的封建秩序之命的，除了蔡元培，数不出第二人。于是，这一问题，引发了诸多思考。
亡国灭种的危机无时无刻不刺激着心怀天下的有志之士，去探索挽救危亡的出路。但一般而言因各人生活环境、个人经历和所受教育及社会地位的不同，其所选择的救亡道路各不相同。
以辛亥革命时期的新式知识分子为例，出身于中上层家庭且具有科举功名者，身处“体制内”的他们一般奉日本、沙俄或者英国经验为改造中国社会的圭臬。而视反清革命为畏途，这些人一般主张在现成体制内进行社会改良。
而出身于中下层的新式知识分子，他们改换现实的意愿更为强烈，多奉美国独立革命、法国革命道路为楷模，很多人走上“体制外”的激进改革，即暴力革命的道路。
按这个规律说来，蔡元培无疑是一个大大的例外。
蔡元培是以名翰林的身份投身到推翻现政权的暴力革命。前边说过，在封建社会，取得翰林的身份，也就意味着已跻身统治阶层的中上层。在中国传统社会里，对于一个以光耀门楣为平生大愿的普通读书人来说，到这般地境几乎是登顶造极了。尤其自清中叶以后，大学士、军机大臣、总督、巡抚这些权倾一时的职位多是由翰林出身者担当。翰林的前途，即使不是督抚重臣，仅仅终老于翰林院也足以誉满天下。
而蔡元培恰恰是年纪轻轻就具备了这样的名分。
能在自己正春风得意之时，投身到反清的民主革命中，甚至以文士之身投身革命暗杀活动，这不能不令人慨叹。或许，越是优秀的知识分子，越能超越自己的身份、名位、时势来接人处世，就越是具有独立的人格。蔡元培就是如此。
这也应了恩.格.斯的那句话，最先的抗议往往是从统治阶级内部发出的。
在很多人看来，蔡元培能基于大义而跳出自己的身份、名位，从根本上来讲，仍然来自于他在儒学熏染下形成的品质，所谓“经世致用”的理念。一般说来当中央政权强大、社会民生平稳安定时，也就是所谓的“治世”，儒士的经世观念就隐而不彰。而一旦社会危机四伏、专制衰弱、内忧外患纷至沓来之际，治国平天下的经世意识就会被激发出来。这种意识甚至可以使人能够义无反顾，舍生而取义。
蔡元培所处的时代正是中国社会最激烈动荡、国家最衰微的时代。他的青壮年时期，在中国发生了中法战争、甲午战争、八国联军侵华，以及戊戌变法、义和团运动等足以撼动国本的大事件。风雷激荡的社会状况强烈激发了蔡元培内心深处的忧患意识，也为其经世思想的实践提供了历史条件。
此一时期，一大批有影响的儒学思想家，如林则徐、魏源、龚自珍、姚莹、何秋涛等，以治国平天下自许、以挽救民族危亡为己任，在当时中国思想学术界形成了蔚为大观的竞相追求新知的盛况，为蔡元培汲取经世思想提供了丰富的思想养料。
蔡元培受龚自珍影响尤巨。他自1888年即开始研读龚自珍的著作，“自戊己来，读定庵先生文，喜而学之”，故反复并作详细读书札记，对龚自珍的思想、行文风格十分熟悉。龚自珍主张“更法”，蔡元培则强调社会由“据乱世”过渡到“升平世”，必须有量的积累，也隐含着“更法”改革的要求。时人有评，称蔡元培可谓当代的龚自珍。
于是，有人说，从表面上看蔡元培很反传统，实质来看，蔡元培自身的作略，其思想底蕴恰恰来自于儒家学说的熏染。问题就在于，正是蔡元培用自己的人生践行着儒家的一些内在精神，这恰恰使他对于儒学、中国传统文化的一些外在的形式不那么看重，乃至于很快就能坚决地转到投身革命，以及后来宣扬新知、新文化的队伍中去。
他骨子里透出来的担当和关怀天下、奋不顾身的责任感，不为个人得失斤斤计较，又谦和而不冥顽，这些都可说的上是儒士风骨的延续。
其实，在笔者看来，蔡元培的“翰林造反”，从根本上说源自两个方面：从客观而言，是因为清王朝所代表的封建专制制度已经进入穷途末日；从主观而言，则是蔡元培饱览群书，厚积而薄发，是长期的学习和思考所做出的选择。
光复会成立的第二年，即1905年，孙中山、黄兴、陈天华等人在日本成立同盟会，比光复会晚了一年。孙中山成立同盟会的原因，是当时中国国内的反清革命团体缺乏统一领导，不能形成合力。鉴于蔡元培的影响，同盟会在成立后，把蔡元培任命为上海分会会长。蔡元培一时成了同盟会和光复会的双料会员。
蔡元培这时可没有考虑自己的小团体利益和宗派，他从革命形势的大局出发，在接受孙中山的委任后，他便积极地说服光复会同志，化解罅隙，把光复会置于同盟会的领导之下，停止以光复会名义在上海的活动。这就为中山先生的革命事业平添了一股生力军，扩大了其在国内的影响。