1912的1月19日，教育部开张刚刚一个月，就发布了《普通教育暂行办法》。
《普通教育暂行办法》共14条，主要内容有：
各级各类学堂均改称为学校，监督、堂长一律改称校长；
小学一律于每年3月14日开学，中学、师范则根据地方财力自行决定开学时间；
初等小学可以男女同校；小学读经科一律废止；小学应注重手工科；中学为普通教育，文、实不必分科；
废止旧时奖励出身，各级学校毕业者，称某级学校毕业生。
同时，学校所采用的各种教科书须合乎共和宗旨，由各出版单位自行修改，学校教员对于教科书的内容也可根据这一宗旨随时删改。这个教育法令，在新旧社会交替之际，对于安定人心、稳定局势、建立新的教育秩序，起了非同一般的作用。
这些规定，震撼了年深日久的封建教育秩序，为全社会送来一股民主共和的清新之风。
1月30日，教育部下达了在全国推行社会教育的通令。所谓社会教育就是我们今天所说的成人教育。蔡元培此举无疑是是想改变中国文盲众多的状况，力求普及教育，使人人都能识字，受到教育。他知道这不是一日之功，需要一段时间的不懈努力。在通令中要求“各地广为宣讲，次第实行”。
教育部下属只三个部门，其中便有社会教育司，与普通和专业教育司鼎足而立，足见蔡元培对社会教育的重视。
很多有识之士都指出过，推广社会教育，实乃国情所急需，虽然难以立见成效，但毕竟开辟出一条教育新路。事实上，这也是高瞻远瞩之举。
新中国建国之初，所开展的“扫盲”运动，应该是比较好的贯彻了蔡先生社会教育的主张的，当然，这为后话。
1912年2月间蔡元培发表了著名的教育论文《对于新教育之意见》，比较系统地提出了五育并举的思想。
一、军国民教育
（一）从国外环境看来，中国处于“邻强交逼，亟图自卫，而历年丧失之国权，非凭借武力，势难恢复。”
（二）就国内情况而言，要打破军人成为“全国中特别之阶级”的局面，就“非行举国皆兵之制，否则无以平均其势力”。
二、实利主义教育
实利主义教育被蔡元培认为是富国的手段，他认为世界的竞争不仅仅是在武力，尤其是在财力。因此加强科学技术教育，提高生产力，发展国民经济，国家富强才能够在世界竞争中生存下来。
三、公民道德教育
他把西方近代资产阶级“自由、平等、博爱”的道德观念，分别比做中国古代儒家所提倡的“义、恕、仁”。他主张广泛吸收国外文化，同时“必择其可以消化者而吸收之”，并且“必须以“我”食而化之，而毋为彼此所同化”，他批评有些志行薄弱者，一到国外留学，“即弃捐其‘我’而同化于外人”。
四、世界观的教育
世界观教育是建立在把世界划分为现象世界和实体世界这个唯心主义世界观的基础下，要求人们遵循思想自由，言论自由的原则，不要被束缚于某一学说的思想，在当时具有打破几千年思想专制统治的解放作用。
五、美育教育
美育教育是进行世界观教育最重要的途径，使人们从现象世界通向实体世界所必经的桥梁。美育教育的重要性源于其特点，人从现象世界通向实体世界存在的障碍不外两种意识，一是人我之差别、二是幸福之营求。
《对于教育方针之意见》一文，是他这个时期在教育方面的主张的一篇代表作。
在这篇文章中，他提出的五育并举的思想方针，否定了前清教育宗旨中忠君、尊孔两条。“忠君与共和政体不合，尊孔与信教自由相违”，主张用民主共和的世界观教育和美感教育来代替，这就破除了两千年来中国传统的封建教育两条不可动摇的信条，体现了辛亥革命的伟大成果和民主精神，具有革命性的意义。
军国民主义和实利主义要求注意军事和实业。
蔡元培说:“夫军国民教育者，与社会主义侯驰，在他国已有道消之兆。然在我国则强邻交逼，亟图自卫，而历年丧失之国权，非凭借武力，势难恢复。且军人革命以后，难保无军人执政之一时期，非行举国皆兵之制，将使军人社会，永为全国中特别之阶级，而无以平均其势力。则如所谓军国民教育者，诚今日所不能不采者也。……
“我国地宝不发，实业界之组织尚幼稚，人民失业者至多，而国甚贫。实利主义之教育，固亦当务之急也。”
这是清末富国强兵思想的继承和发展。
在公民道德一条，他要求以法国革命所崇尚的自由、平等、博爱作为道德的要旨。
1912年2月12日，清帝退位，第二天，孙中山宣布辞去临时大总统。随后的2月15日，南京的民国参议院如约推举袁世凯为临时大总统。
南方方面对袁世凯最大的疑虑是其能否真正维护中国的共和政体，于是向袁开出了三个条件：临时政.府首都设在南京；新总统应到南京就职；新总统必须遵守《中华民国临时约法》及相关法律章程。
而“欢迎”袁世凯到南京就职的艰重任务被分派给了蔡元培，他被委任为“迎袁专使”，与外交次长魏宸组、海军顾问刘冠雄、法制局长宋教仁以及汪精卫等一批南京临时政.府要员一同北上，以示隆重。
袁世凯清楚地知道南方临时政.府的意图，知道他自己一去南京，就将受制于革命党人，所以是绝不会轻易就范的。这时，各国的列强也反对中国把首都南迁，怕损及他们的在华利益，他们支持袁世凯，这样他们的在华特权将会被最大限度地保全。
这不是一个风光的差使，蔡元培自己也知道，“此行人人知不能达成目的”。朋友们纷纷劝他辞去这个任务为佳。但是蔡元培说，“我不去，总须有人去，畏难推诿，殊不成话”。
果不其然，蔡元培一到北京，有许多所谓的“人民团体”找上门来，向南方临时政.府代表团“请愿”陈情，说首都不能南迁、袁世凯不能离开北京，否则会发生社会动乱。
不久，在北京的一些军官和士兵“真的”发生了“兵变”，一时间满城风雨，似乎北方的局面非袁世凯留在北京不能控制。其实，这些都是袁世凯和他的手下指使的，为的是搅乱局势，向身处北京的蔡元培等南方代表示威，也向南方临时政.府施加压力，制造留在北京的堂皇理由。
肯定的说，和袁世凯这样的政客玩手段，耍阴谋诡计，蔡元培这样的书生肯定不是对手。但如果说，作为南方专使的蔡元培，一点也没有发现这袁世凯背后的这些小动作，也未必是事实。当然，也肯定不像外间人以为的那样，蔡元培为袁世凯的种种手段所蒙蔽，以至于后来主动帮助袁世凯达成其心愿。
蔡元培对袁世凯其人还是有他自己的看法的。
辛亥革命起事八天后，他有一封信给吴稚晖。
这时，他已从德国报纸上得知，清廷启用久经罢黜的袁世凯重掌军政大权，他在信中，特别提到清廷启用袁世凯这件事，并发表他自己的见解。
蔡元培说，听了这个消息，使他对于革命前途“之十分乐天观，生一顿挫”。他继续写道：“弟以为袁世凯者，必不至复为曾国藩，然未必肯为华盛顿，故彼之出山，意在破坏革命军，而即藉此以自帝。”
也就是说，蔡元培判断袁世凯其人，绝不会像曾国藩那样基于礼教思想而效忠清廷到底，但也没有美国的国父华盛顿那样高洁的人品，为了国家而甘愿放弃个人名位，而会为个人野心破坏革命事业，乃至自己当皇帝。
是的，最终，蔡元培还是对袁世凯做出了让步，代表南方革命党人允准袁世凯在北京宣誓就任临时大总统。
1912年3月10日，袁世凯在北京宣誓就职。蔡元培代表南方临时政.府接受了袁世凯就任大总统的宣誓，并代孙中山献上祝词。
第二天，蔡元培一行在离京返回南京前发表《告全国文》，回顾此行的意义。文中说，“……是故欢迎袁公，我等直接之目的也；谋全国精神上之统一，培等间接之目的也”。
这里说的“精神上的统一”，或许饱含着貌合神离的无奈。无论如何，推翻满清的目标已经实现了，无论谁当总统，毕竟共和政体已经在中华确立。
蔡元培其实没做错什么。
首先，袁世凯肯定是不会离开他的老巢到南京就职的。对于南方政.府，只有两条路可以选择：第一，对袁世凯妥协，同意他在北京就职；第二，因为袁世凯不肯到南京就职而南北分裂，最后的结果是开战。
如果南方政.府选择后者，在国人都盼望结束战乱的时候，失去民心的不是袁世凯而是南方政.府。在者说，南方也一定没有胜算，否则，也不会把大总统位置送出去。
所谓二次革命的失败，不是在那里摆着吗？
何况在当时，希望与袁妥协以达到“谋全国精神之统一”的想法，并不止蔡元培一人，也是民国初年大部分革命党人的共同心理。