郑克臧最终对这件恶性案件作出了处理，对犯事的士卒一律枭首。
首级石灰封存由军法司带着传阅各屯垦驻军以作警示，同时责令军法司在全军范围展开巡察，严打此类恶性案件。
让陈绳武松了口气的是殿下对何祐的处理更多地是代表态度的象征性惩罚，由都督变为权（代）都督，军衔由护军降级为龙虎将军，罚俸一年。
郑克臧最终还是念着马震当初琼州之战的功劳和这半年的良好表现，将他的军衔连降两级，跌到了校尉阶，职位也由一镇主将降为副将，郑克臧为怀威镇另外指派了一名主将：因为父亲去世丁忧刚满期的义武镇主将陈侃。
而陈梦玮直接被失望的郑克臧免了南镇抚司指挥使的职务。
郑克臧觉得南镇抚司在他手上实在没有发挥应有的作用，安排他去了礼部负责扩建高山番蒙学的事。
他没有采纳陈绳武将怀威镇士卒全部打散的建议，怀威镇毕竟在茂利的屯垦点开垦和煤矿开采上立过功劳。
只因为几个犯罪的士卒而要将整个军镇裁撤，不免会激起这些伪清降卒们的抗拒不满，容易生乱。
但怀威镇也不能继续留在茂利屯垦点了，郑克臧最后将其划到了东军，移防至澎湖，不再归何祐指挥而改为受江胜节制。
而对陈绳武提出的屯垦地点环境艰苦，长久驻扎心生不满等担心，郑克臧思考良久后决定建立常规的移镇制度。
不仅在城镇驻军与屯垦点驻军间定期进行换防，在琼州东宁之间，不同州府、不同屯垦点之间也定期进行换防。
在军事改革之前，因为屯垦营盘田的存在，使得移镇换防实现起来十分困难。
大家不愿意放弃辛苦屯垦好的田地跟别人换地盘，万一换的没自家的好呢。
但在军事改革后，营盘田作为军队公田被剥离出来，由中央统一进行分配，使得换防成为了可能。
这样一来既解决了陈绳武所提的长久驻扎屯垦点易滋生不满的问题，同样也对地方手握军权的将领如杨彦迪、何祐、邱世宁等人起到制衡作用。
借着这次建立换防机制的机会，郑克臧采取了陈绳武的建议，对军队编制和军职重新统一划分，以更好地适应军事改革后的明郑军队。
在军事改革之后除了中央五镇以外，各军镇正兵基本在一千人左右，辅兵大概在一千五百人左右，郑克臧重新对其进行了划分。
首先将陆师划分为两个不同的体系：征讨军镇与守土军镇
按明郑军队现在的编制，两个军镇共计两千正兵，三千辅兵，其中分派一千五百正兵配一千辅兵划为征讨军镇，剩余五百正兵与两千辅兵作为守土军镇。
顾名思义，征讨军镇负责随时听调出征，而守土军镇主要负责防守本土，在必要时听调出征。
而在军职方面，陆师分为东西南北中五军，东南西北各军设都督一名，都护两名分管征伐、守土军镇。
各军下辖军镇五至六个，其中守土军镇三至四个，征伐军镇固定两个。
中军不设都督，由郑克臧直领，中军五镇加上神机镇全部为征伐军镇，另外各军还设有神器营（炮营）、辎重营（保障后勤）、工程营、骑兵营（暂缺）等独立建制军营，与军镇同级。
各军镇设统制一名，副统制两名，协统制（参谋官）四名，统管五协，各协设参领一名，副参领两名，下辖五标，每标设管领一名，副管领一名，下设五队，每队队正一人，队副一人，编制为二十人。
同时各军镇还设有军法司佐官、南北镇抚司派遣官等由中央直接任命的辅助军官。
目前西军驻扎在琼州府，都督杨彦迪，防守区为琼州北部，南军驻扎在崖州，都督邱世宁，防守区为琼州南部。
中军驻扎在承天府，东军驻扎在天兴州，都督一职空缺，负责西海岸南侧屯垦点和澎湖的防御，北军驻扎在基隆港，权都督何祐，负责西海岸北侧屯垦点防御。
在郑克臧的命令下，陈绳武负责东军的军镇整编，而其余三军都督负责各自麾下军镇的整编。
在此基础上各军之间部队移防的制度也正式确立，按规定三年一换防。
这条命令随着参政司不断修改完善后最终正式成文下发至各军。
这次统一编制不像上次改革一般顺利，诸多统制们就分配统领征伐军镇还是守土军镇争论不休，但在郑克臧的严令下，仍是推动了下去。
而借助这次整编，怀威镇的伪清降卒也被打散了一部分，最后作为守土军镇调派至澎湖驻守。
被处罚降级为副统制的马震并没有灰心丧气，只要不是把他一撸到底，对他来说都还能补救，这次他攻略的对象从何祐变为了江胜。
江胜不似何祐般脾气火爆，对勤来拉关系的马震一直都是笑脸相迎。
而马震给点阳光就灿烂的性格遇见江胜这样的笑脸将军真真是每天都心情愉悦，充满干劲。
移防澎湖不过半个月，他数次越级向兵部上书要求增固澎湖列岛的炮台。
这事把陈侃气的不行，偏偏军镇中大部分都是马震一直带着的降卒，陈侃也不敢公开和他撕破脸面，几次上书之后他也就听之任之了。
兵部接到马震的奏折后不敢随意决策，转呈给了郑克臧，他看了之后觉得太有理了。
目前东宁方面诸将对伪清来攻形成了两种判断：一种是多路进攻，尽量将士卒运上岛在陆上与东宁决战，一种是先下澎湖，在海上决战。
前者正是姚启圣的策略，而郑克臧清楚最终伪清采用了施琅的策略，在海上与东宁决战，攻占澎湖以战逼降。
自己怎么没早想到这一点，郑克臧拍了拍脑门懊悔不已，事务繁杂忙的连这点都忘记了实在是不该。
就着马震上奏之事，他吩咐兵部和工部先行派人赴澎湖考察，确定增加、修补炮台的方案，并报参政司审议。
马震这封奏折提醒了他，除了造船以外，要多关注其他增加胜算的措施，提前准备。
郑克臧在延平王城的书房内独坐了近半个时辰，拿着毛笔对桌上的纸张涂涂抹抹，最终留下五个词：水师、炮台、间谍、叛逃、指挥。
这是他总结的澎湖海战失败的五个主要原因，在指挥一词旁边他打上一个对勾。
刘国轩不可能再指挥这场海战了，历史上就是因为他的指挥失误直接导致明郑战败。
他想不明白，虽然刘国轩在郑经西征时证明了他的善战之名，但那全是陆战，最关键的澎湖海战怎会让他指挥呢。
但他转念一想便了然，原本历史上自己的弟弟是个傀儡，刘国轩、冯锡范共掌东宁权柄。
冯锡范又没什么拿得出手的战绩，自然关键的指挥权落在了刘国轩手上。
水师和炮台没说的就是造就完事了，那剩下两个该怎么解决呢，他陷入了沉思。