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火影中的“三界”
首先，明确一点，在火影的世界观中，不存在“阴界”的说法。就是类似龙珠里头上带个圈，能够保留意识和肉体继续“活”着，继续修行，通过某种手段（界王、占卜婆婆）能够和阳界保持联系，甚至影响到阳界的发展趋向。
在火影的世界观中——人死透了，便真的是死透了！
秽土出来的柱间并不认识水门！秽土出来的斑以为是轮回天生！死者只能保留生前的记忆和能力。
因此，整部漫画主线剧情所描述各种事件发生的场所，也就是——阳界——也就是一切生命形式活动的场所。
其次，火影的世界由于幻术、查克拉以及个别忍术的元素，综合起来构成了第二个界，也就是——意识界（精神界）。
意识界包括：1、身心转换术的作用原理。
2、各类幻术的控制，点名月读（无限月读）、蛤蟆临唱。
3、尾兽和人柱力封印空间。
4、查克拉意志遗留，鸣人爸妈、大蛇丸的咒印、带土送挂、六道送挂。
第三界，也是最复杂最模糊的界，我个人命名为“次阴界”，因为这个“次阴界”部分情况满足“阴界”的特征，但是又和“阴界”有很大的不同，并且的的确确存在这么一个模糊的“界”充当净土的功能——亡灵贮存。
首先，我们可以明确的是，能够导致忍者死亡有三种方式：
第一：忍者受到致命伤，致使躯体无法满足生命支撑（角都暴毙）；
第二：查克拉耗尽（卡卡西神威导弹、八门死门）；
第三：失去灵魂（人间道抽魂）；
PS：封印术的效果根据术的不同，分属上述分类。比如说尸鬼封印、幌金绳七星剑组合杀属于第三类，幻九龙封印强行抽查克拉属于第二类，虎视眈眈、四象封印、地爆天星直接连人打包带走属于第一类。
那么，这个“次阴界”又包括（盘点）以下几种情况：
1、卡卡西（白牙）的弥留
在火影的世界中，查克拉确实是可以拥有独立意识的
注意：是可以，不是绝对。题主提到的螺旋丸当然没有独立意识
至于查克拉、灵魂、意识，这三者到底是什么关系
其实，除了火影初期那个世界观混沌开，各种设定野蛮生长的时候，诞生了如“秽土转生”这类从篇角度看都是大坑+大bug的招式以外
岸本在火影中很少提到“灵魂”这个概念，甚至让人感觉，对其有一种避而不谈的态度（当然，火影中这种东西太多了，基本都是各种岸本的笔力驾驭不了的东西）
而那些貌似以“灵魂”状态行事的人
都是用查克拉来承载意识
火影世界中，能分出一部分查克拉，并且带有独立意识的人，题主列举了一些
譬如四代将九尾分割成两个，两个九尾之间各自有独立意识
大蛇丸在咒印中注入了自己的查克拉，因此随时能从任意一个咒印中复活
因陀罗和阿修罗的所谓“转生”，其实就是查克拉附体到后世身上，而非灵魂转生
其实还有
譬如，四代在封印九尾的时候，把自己和玖辛奈的查克拉一同封印了进去，然后两个人就算死了，他们的查克拉依然能够在关键时刻帮助鸣人
九大尾兽都可以做到，九尾被四代分割，纯属被迫的
在鸣人首次九尾化的时候，四尾开头，二、三、五、六、七等五个尾兽，分别送给了鸣人一点查克拉，然后就在鸣人体内形成了新的尾兽
在本体被封印进魔像之后，鸣人体内的尾兽查克拉依然拥有独立意识
宇智波带土死后，也能在没有肉体的情况下，给卡卡西输送六道查克拉
甚至，宇智波斑在轮回眼中也存储了大量的，可再生的查克拉（眼睛本身没有查克拉，卡卡西、鼬有万花筒写轮眼，查克拉依然捉急），这份查克拉的能量可以影响移植者的性情
但是，我还要说一点，其实吧，单纯说“创造独立意识”这种事，在火影世界并不少见
譬如主角漩涡鸣人就能做到，很多人也能做到，那就是影分身和多重影分身
分出的分身就是有一定的独立意识的
影分身在做什么，本体是无法直接了解的
只有在影分身被解除的时候，经历过的事情才会回归本体
但是这一点在鸣人vs佩恩的时候被暂时改写了……
岸本以“又要看左边，又要看右边”作比喻
表示“不能让过多的影分身去吸收仙术”，而且“战斗用的影分身最多只有三个”
这种完吃书型的临时设定，在以“吃醋”这种扯淡理由为借口，砍掉了鸣人的最大外挂九尾之后
砍掉了鸣人的第二大外挂——多重影分身
都说鸣人打佩恩的时候，佩恩又费蓝又超神罗的吃亏，鸣人主角光环之类的，那起码削弱的还是有理有据的
岸本此时对鸣人的削弱可是完吃书
目的很简单——
让这场战斗打得足够好看
否则，鸣人在妙木山留四千个影分身吸收仙术查克拉，然后这边两千个影分身，人手一个螺旋手里剑OR超大玉螺旋丸
尼玛九尾都扛不住，别说佩恩了，长门亲自上都白给
或者直接仙术加九尾……
长门：卧槽，无情！
咳咳，又扯远了……
上面说了，影分身之术，就能让分离出去查克拉拥有独立意识
而普通的影分身之术，等级是B，尽管等级不低，属于上忍级别的忍术，但是在火影世界中，会的人确实不少
还有以此能力衍生的，譬如说角都，他分离出的地怨虞，也是拥有独立意识的
在本体已死的情况下，分离出去的地怨虞依然能够正常活动，甚至返回救援本体
但是这种“独立意识”，相对于大蛇丸、四代、玖辛奈，甚至因陀罗、阿修罗和尾兽这种分出去一部分无形的查克拉就能带有独立意识的能力，显然是不同的
那毕竟是一个完整的忍术，而且制造出来的也是一个近乎完整的“人”
后者是释放出无形的查克拉，也能拥有独立意识
至于为什么分离出去的一部分查克拉就能带有独立意识，我们首先要了解一下，查克拉是怎么来的
查克拉是由“身体能量”和“精神能量”两部分组成
而这两部分，反映到属性上，就是“阴”和“阳”，由阴阳诞生出风火水土雷五种属性
而阴阳属性，代表的是单纯使用精神能量，或是肉身能量的术
譬如，奈良/山中，和会幻术的，基本都有阴属性（所以TV把黑暗行之术挪给了二代，我觉得是更合理的）
会医疗忍术的，基本都有阳属性
查克拉制造出来之后，是存储到肉体之中的
但是，题目中那些，能够让分离出去的查克拉带有自我意识
我的看法是
他们是将查克拉从肉体中释放出去的时候，同时分离出了一部分的精神能量，将查克拉储存在了精神能量之中。以此，让查克拉带有了独立意识
将精神从肉体中分离出去，这个并不是难事，譬如山中一族的心转身之术
将一部分的精神分离出去，也不是很难，心乱身之术就是如此
那么，能否将查克拉储存到精神里呢？
答案是——能！
这里就要涉及到一个忍术
加藤断的灵化术
这一招不同于单纯分离精神，而是将查克拉储存在了精神之中，让精神构成的灵体依然拥有战斗能力
剧情中，加藤断将自己的查克拉传送给了纲手，帮她补充了白豪之印
而在纲手的精神世界中，加藤断仿佛是由实体一般（还能打啵……）
很明显，火影里面那能够让查克拉带有独立意识的人中，有一些是能让被寄宿者看到形体
也都同样是在精神世界
玖辛奈和四代是在鸣人的精神世界中
带土是在卡卡西的精神世界中
哪怕是六道仙人，能以灵体现世，能使用忍术，也依然是灵体，而非实体
至于使用条件
能做到“分离出查克拉带有独立意识”的，需要对于查克拉和精神力量的使用，拥有相当高的造诣
前面说了，精神能量在属性中表示为“阴”
很巧的是，能够做到“让查克拉带有独立意识”的，都有阴属性，说明这些人都能做到，对于精神能量的掌握
九大尾兽就更不用说了，尾兽玉就是需要阴和阳属性的查克拉混合而成的
也就是说，想要分离出带有独立意识的查克拉，需要将查克拉依附于精神能量
当然，这种事情的难度非常大，从灵化术的难度等级为S就能看得出来
而且，分离出的查克拉因为没有实体的缘故，需要有一个东西作为载体，让它寄宿于其上才能存在
譬如
因陀罗和阿修罗的查克拉寄宿在后世的优秀忍者身上
四代和玖辛奈的查克拉以封印术式作为载体
大蛇丸的查克拉以咒印作为载体
尾兽的查克拉寄宿在鸣人体内（所以说鸣人只能借用其他尾兽的查克拉使用忍术，不能尾兽化成其他尾兽）
带土的查克拉寄宿在卡卡西体内
斑的查克拉以轮回眼作为载体
还有题主问道的，金角的九尾查克拉是否会耗尽的问题
觉得这个应该看看另一个人，就是水门
我个人认为，岸本对秽土四代，设定应该是“九尾的一半查克拉”，而非独立的“阴九尾”
毕竟分离出查克拉并寄宿于精神能量，能做到这种事情的，基本都是自愿的
四代强行分离出九尾的一半查克拉，还能让其拥有独立意识，这个实在是有点太不符合逻辑了
所以，水门在秽土参战之后使用的其实是九尾查克拉模式，也就是俗称的金身模式
而在带土成为十尾人柱力之后，岸本将后期的大纲进行了修改
改成了——鸣人被夺走九尾，四代将自己的九尾传送给鸣人
所以，水门630话就参战了，但是642话，阴九尾才出现
12话，三个月的时间，也足够岸本捋顺新的剧情走向了
但是生硬的地方还是有的，其中也能看出岸本是修改过后并没有考虑得面面俱到
譬如说
阴九尾咋跟鸣人直接就自来熟了呢？
2、带土的弥留
这里特别解释一下：琳的情况其实和白牙一样，并不是真的存在于“阳界”的某个位置，也不可能以鸣爸妈的方式寄留在带土体内。琳对现实的状况一无所知。
琳根本就不知道外界发生了什么，此时带土和琳所处“次阴界”而非“意识界”，同理，带土诈尸给卡卡西开挂，带土和卡卡西处于卡卡西的“意识界”而非“次阴界”。
3、结界，即封印术产生的次空间！
比如尸鬼封印、虎视眈眈、四象封印。这里尸鬼封印比较特别，会在下面的内容里具体叙述。
结界是一种特殊的次阴界，就像正方形是一种特殊的长方形一样。
小结：
1、阳界的存在形式是固定的，意识界和次阴界的存在模式是变化的。
阳界的存在形式，即为生物本体；而在意识界和次阴界的存在可以任意变化：带土卡卡西还有琳都可以以少年姿态出现。
2、意识界是个体的，次阴界是相对的，结界是绝对的。
幻术的本质就是意识界的入侵，完美人柱力免疫幻术，也是因为正常人（不算挂逼）的幻术无法影响到尾兽的意志，此时人柱力和尾兽的意识界是绑定互通的。
相对来说，次阴界的存在很大程度上被“羁绊”所影响！为什么卡卡西弥留之际见到的是他爹而不是琳？为什么琳见到的是带土？
而封印术产生的结界能够完屏蔽（阻断）与结界外的一切联系，除非解开封印术。
3、次阴界与“阴界”的共同点是：不与阳界共存。也就是说，只有阳界确认死透了的人才能出现在次阴界。
4、阳界、意识界、次阴界的关系：
阳界与意识界相交部分A：幻术控制、完美人柱力。
次阴界与意识界相交部分B：带土给卡卡西开挂，水门修复九尾封印。
阳界与次阴界隔绝。因此整部火影最大的BUG——秽土转生，就是强行将阳界和次阴界连接在一起的术。强行将亡者的灵魂从净土召唤到阳界进一步控制利用。
二、本体、意识和灵魂
在阐述这部分内容，必须要提要一个元素——查克拉。
本体是忍者在阳界活动的必然条件，因此秽土转生需要祭品来承担灵魂的容器。同时，本体也是忍者制造查克拉、吸收查克拉、使用查克拉的必然条件；
意识是忍者在意识界活动表现形式，忍者可以控制对方意识达到控制对方行动的目的，也可以通过意识界开挂。意识可以通过查克拉向外传输。再次引用
灵魂是一种非常特殊的查克拉。每个忍者都有灵魂，但是能够对灵魂这极其特别的查克拉加以利用和改造的人和术，都相当高级。比如断的灵化术以及上述“攻击灵魂”的术。
(本章完)