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数码兽生息的世界就是「数码世界」，由神秘的主计算机「世界树」管理着整个世界。
然而数码兽们的数据量巨大化程度超过了世界树的预测，包含数码世界在内的全宇宙规模的大爆炸「数码危机」迫在眉睫。再这样下去数码世界将面临崩溃。
数码兽的特征在于「进化」，他们会一口气让数据量肥大化并进化。让后再通过网络从数码世界外部流入信息，因此进行不规则进化的情况非常多。
为了回避这场危机，世界树决定舍弃“旧数码世界”，重启“新数码世界”，也就是破而后立。
于是为了删除对于新世界无用的数码兽，执行了数码兽删除程序「x程序（xprogra）」。
这个计划被称为「方舟计划」，内容是将超负荷的数码兽全部一扫而光，只将世界树认为有必要的皇家骑士和研究对象保留。
只要是助于数码世界发展的，为此牺牲绝大多数数码兽的生命也无所谓——世界树秉承着的就是这么看起来冷血无情的理性思维，更何况导致数码世界过载的正是数码兽本身，为此进行删减，就和人因为电脑的卡顿清除垃圾数据一样，是无可厚非的。
就这样，主计算机世界树放出的「x程序」“删除”了数码世界全域的数码兽，并侵蚀破坏了数码世界那“丰富”的环境。
然而……
一些遭遇感染的数码兽（大体是自身强大的数码兽）顽强的生存了下来，数码核竟然自己摄取x程序并让构造脱胎换骨，然后诞生出对抗摄取的x程序的「抗体」并纳入到了数码核内部。
x抗体会对数码核直接造成影响，并具有高度导出数码核内信息的能力。因此，就能够发挥潜在能力级别而言，过去的数码兽完全不能与之相提并论。
另外，受其影响，外形也发生了脱胎换骨般的变化。
这是由数码兽拼命想要生存下来的意志，得以产生的进化，也就是x进化。
不过x程序终究是用来杀死数码兽，重启数码世界的，能存活下来的数码兽实在是少数，毕竟，能产生x抗体的基本都是强者，而强者，注定是少数人。
所以很快，就有承受不住x程序压力的数码兽，开始对实力较弱的x抗体拥有者下手，而杀死它的数码兽发现，吸收了拥有x抗体的数码兽的资料后，它居然也拥有了x抗体。
换而言之，x抗体是可以通过杀死对方来抢夺的。
然而数码核内的x抗体持续感染x程序的话会消失。恐惧死亡,互相争夺能使自己变强的「x抗体」的弱肉强食的世界来临了。
再次幸存下来的数码兽们一个个地逃向了x程序触及不到的「ne数码世界」……
不过世界树的应对也很简单——派出对自己效忠的数码世界保护神【皇家骑士团】进行二次清理。
所调动的成员，是这三位。
奥米加兽、红莲骑士兽（公爵兽）、金甲龙兽。
其余的皇家骑士，要么缺席，要么有其他的要务处理，要么还出于休眠的状态，无法行动。
为了主人世界树的命令，皇家骑士的“正义”，这三位皇家骑士，开始了各自的行动。
由此，数码世界正式进入逃与杀的混乱时代中。