最近琴酒一直心绪不宁，那天冲矢昂为什么没杀他，甚至连伏特加也侥幸活了下来？凭借多年经验，琴酒怀疑对方可能在他身上做了什么手脚。
果不其然，事后一番检查，琴酒发现身上多了一枚微型发信器，即使如此，他依旧有些不放心，处处保持警惕。
不久前琴酒收到通知，雪莉自行停止药物研发实验，上面让他过去处理。琴酒眉头微皱，如果已经杀死宫野明美，他很乐意去见这女人，对她狠狠奚落一番，现在过去，反倒有种自取其辱的感觉。
组织很看重这项药物研发实验，无论如何，他都必须去一趟。伏特加暂时还躺在床上，琴酒换了一名小弟开车。担心被人跟踪，一路上琴酒格外小心。几经辗转，两人来到一家生物制药公司。
走进公司，琴酒径直来到一间实验室。门口正有两名黑衣男子看守，看到琴酒过来，两人连忙让开。
琴酒开门进去，直接看到一名身穿白大褂的少女面无表情站在那里，周围一片狼藉。
“这是什么意思？”琴酒冷声质问。
“应该我问你才对，我姐呢？你们到底对她做了什么？”少女声音仿佛比琴酒还冷。
琴酒冷笑道：“她背叛组织，你说该对她做什么？”
少女很清楚组织的一贯作风，心里猛地一紧，“你们把她杀了？”
琴酒本想说是，不过来的路上，他已想到一个更有意思的主意，“放心，她还没死。”
听到姐姐没死，少女不由松了口气，“她现在在哪？我要见她！”
琴酒一脸玩味道：“你想见她，但她已经不想见你。”
少女一脸不信，“姐姐怎么会不想见我？”
琴酒道：“宫野明美一直想脱离组织，她对组织而言，其实可有可无，如果不是因为你，组织根本不会吸纳她。你虽然是她妹妹，说到底，只会给她带来各种麻烦。”
少女心里隐隐有不好预感，“你到底想说什么？”
琴酒脸上露出一个诡异笑容，“她已经离开组织，并且将你抛弃。”
少女顿时如遭重击，一个踉跄险些摔倒，“不对，你一定是在骗我，姐姐先前还说要带我一起离开，而且你们会这么轻易放走她？”
琴酒讥笑道：“你觉得有可能吗？她凭什么带你离开？原本我们确实想要杀了她，没想到她早就找了帮手，对了，那个帮手你也应该熟悉，就是她那个FBI的前男友，她有跟你提过这事吗？”
“她一直想和那人远走高飞，哪还在乎你这么一个累赘……”琴酒不断用言语刺激，少女再也坚持不住，身体直接瘫倒在地。
看着少女失魂落魄的样子，琴酒心里一阵快意，某人留下的阴影也仿佛一扫而空。
“看紧她，哪也不准让她去。”琴酒吩咐道，组织看重这名少女，琴酒却觉得各种麻烦。虽然不能直接杀了她，但如果她自己找死……冷笑一声，琴酒转身离开。
琴酒离开没多久，又一辆车开了过来，车内不是别人，正是易容后的鸣海清隆以及宫野明美。
鸣海清隆很了解琴酒，性格十分谨慎，能发现身上那枚发信器，早在他的意料之中，真正底牌是另外一个。
鸣海清隆对柯南里的两个数字最为熟悉，一个是APTX4869，另一个是保时捷356A，前者是让工藤新一变小的药物名称，后者是琴酒的座驾。
那天去救宫野明美时，鸣海清隆发现一辆黑色的保时捷356A，这种型号的车早已停产，如今非常罕见，结合琴酒就在附近，车的主人是谁不言而喻。吸取某人教训，鸣海清隆动手时更为隐蔽，除非把车拆了，否则很难发现还有一枚发信器。
两人没在公司门口停留，直接开了过去。
“琴酒刚才在里面待了大约5分钟，以前有听你妹妹提过这家制药公司吗？”鸣海清隆一边开车一边问道。
宫野明美想了想道：“没有，不过志保之前说过，她在进行某项药物研究。”
鸣海清隆道：“研究需要场所，制药公司是个不错的选择。”
宫野明美点了点头，她也觉得妹妹很肯能就在里面，两人决定对这家公司展开调查。
不久前，鸣海清隆开出一项新的技能，编程。原本以为暂时没什么用，毕竟才九几年，电脑还没普及，没想到这么快派上用场。
想到编程，鸣海清隆第一时间想到的是程序员，但其实还有一种人也擅长编程，只是在常人眼里颇为神秘，人们通常称之为黑客。
系统奖励的编程技能，按照介绍，来源于泽田弘树，一名十岁就发明出人工智能的天才，不是穿越前的那些人工智障，而是堪比科幻电影里的人工智能，对这个时代而言，简直就是降维打击。鸣海清隆虽然暂时搞不出人工智能，但想改行当黑客，问题应该不大。
为方便行动，两人在附近租了间公寓，鸣海清隆买了台笔记本，研究几天后，很快上手。先黑了附近监控，利用监控观察制药公司的一举一动，发现每天进出的人很少，根本就不像一家正常山下班的公司。
制药公司内部也有监控，鸣海清隆尝试入侵，遗憾的是，组织似乎招揽了不少计算机高手，以鸣海清隆目前水平，很难悄无声息地突破其防火墙。
“咦，这个是……”鸣海清隆忽然发现一处漏洞，与其说漏洞，更像是某人悄悄从里面打开一扇窗。难道有人发现他了，想故意引他上钩？等等，对方好像传出一段讯息，鸣海清隆尝试翻译，“h……e……l……p……”
鸣海清隆顿时眼神一亮，这明显是段求救信号，谁会在里面发出求救？难道是她？
实验室内，少女目光死死盯着笔记本屏幕，她被关在这里好几天，已经快要绝望，意外发现公司网络有被入侵迹象，宛如一根救命稻草，连忙向对方发出求救信号。
时间一分一秒过去，见对方始终没有回复，少女心情不断往下沉，眼看就要放弃，网络再次出现波动，少女心里一亮，连忙开始掩护接应，片刻后，终于收到一段信息，“w……h……o……a……r……e……y……o……u”
看到对方回复，少女激动地简直快要哭出来！