由于湘军全军覆没，满清的中枢机构-军机处，也有了一番大变动。担任领班军机大臣四年的汉臣彭蕴章，被咸丰逐出军机。
彭蕴章堪称是清朝历史上第一位掌握实权的汉族枢臣，圣眷颇隆。当年，江南、江北大营大败，两江总督何桂清逃往上海，闽浙总督黄宗汉投降革命军。
这两人都是彭蕴章的同年、死党。那时候，坊间便有议论，说彭蕴章要跟着倒霉。没想到，咸丰依然让他领班军机。
这其中别有奥妙。因为肃顺执政雷厉风行，权势炙手可热。怡亲王载垣、郑亲王端华，都以亲王之尊，成为肃党。
咸丰需要彭蕴章制衡肃党。没想到，彭蕴章过于保守，不敢大刀阔斧改革，作为领班军机大臣竟然压不过肃顺。
湘军大败，彭蕴章是领班军机大臣，责任最大，被逐出军机。这个时候，清朝亡国之兆已彰，咸丰也顾不上平衡朝臣势力了，干脆让肃顺进了军机。
肃顺之外，军机处又有穆荫、杜瀚、匡源，两满两汉。
穆荫隶属满洲正白旗，为人最会做官，早年由官学生考授内阁中书，充军机章京，迁翰林侍读。他是个典型的满洲贵族，会做官而不会做事，为人和气，不结党营私，受到咸丰的重视。
穆荫进入军机最早，班次在前，充任领班军机大臣。但杜瀚、匡源皆为肃党，穆荫自知不敌肃顺，在任上一无所见，“垂拱而治”，对肃顺唯命是从。
御前会议结束，几位军机大臣留了下来，与咸丰商量大事。向来皇帝召集军机大臣开会，关防特严，任何太监不得在场。打帘子这种小事，都由排序最未的“打帘”军机亲自处理。
这一届的“打帘”军机，是匡源。匡源是山东胶州人，与何桂清一样都是神童。他13岁中秀才，24岁中举人，25岁中进士，在当时的科场上堪称异数。
最重要的是，匡源做过咸丰的老师，由此得到咸丰信任。但与咸丰另一位老师杜受田相比，匡源的恩遇算不得好。
杜受田在咸丰与恭亲王争夺皇位的过程中立下了大功，死后被谥为“文正”，哀荣备至。他的儿子杜瀚，也受惠于父亲的余荫，早于匡源进入军机。
因为这段渊源，匡源的资历虽然深于肃顺，却还得给杜瀚打帘子，在军机上难有作为，只得依附肃顺。他的政治观点与肃顺相近，被朝臣视为肃党。
君臣坐定后，肃顺为咸丰打了支烟，待他抽了口水烟，才说道：“皇上，刚才懿贵妃带头主战，实在是不昧实情。臣深知不可战，故义不容辞，在朝堂上顶撞了懿贵妃……”
咸丰摆摆手，说道：“她一个女人家，你们不必与她一般见识。你们是军机大臣，熟悉政情，应当知无不言，坚持己见。
“朕心里很清楚，湘军新败，军心浮动，朝廷不能再对外兴兵。但避战求和，也不是长久办法。肃六，你说以空间换时间，积小胜为大胜，具体该从何处着手？”
一到私下场合，咸丰就习惯称肃顺为肃六，以示亲昵。他们都属于爱新觉罗皇族，肃顺在郑亲王这一支中排行第六，故被咸丰称为肃六。
肃顺早有准备，说道：“臣以为，以空间换时间，说难听一点，就是避战求和。暂时放弃南方的领土，放任粤匪进攻西南。西南地方广袤，粤匪想要坐稳西南，非三四年时间不可。
“朝廷放弃西南，即可争取三四年时间。在这三四年时间内，朝廷应该忍辱负重，避战求和，重点开展四项工作，分别是练兵、筹饷、整顿吏治、鼓励实业。
“只要我们做好这四项工作，朝廷就能恢复元气，足以抗衡粤匪。最起码，朝廷能在黄河建立一道防线，挡住粤匪的进攻。日后，再徐图进取，积小胜为大胜，方有恢复河山、中兴大清的希望。”
咸丰对这套说辞很受用，频频点头，以示赞同。
肃顺得到鼓舞，便继续说道：“先讲练兵。大清目前有两支新军，一为天津洋枪队，二为神机营，皆采用西洋枪炮。
“天津洋枪队使用西方军队编制，装备洋枪洋炮。神机营仍旧使用京营八旗编制，装备洋枪洋炮。从实战上看，天津洋枪队深入朝鲜，屡建大功。神机营曾进入山东剿匪，效果不佳。
“实事求是地讲……”
“实事求是”这个词，是中华帝国的常用词汇。肃顺私下里亦常常偷看南方报纸，学习南方洋务，故对“实事求是”一词印象颇深。
在咸丰面前，他不小心说漏了嘴，赶紧改口说道：“事实证明，八旗的编制已经过时，应当像天津洋枪队那样，按照西式军队编制，采用西式操法操练。
“神机营靡费军饷无数，却不见实效，不能再这样持续下去了。应当像湘军那样，另募一支新军，鼓励读书人参军入伍。
“扩编新军，实乃当今第一要务。崇厚以数干洋枪队，配以数干满洲马队，竟能征服朝鲜，建成大功。据该臣讲，一万两干兵马，主要靠的是四干洋枪队，立功最多的也是洋枪队。
“臣估计，大清要想抵御粤匪，至少要练成十万洋枪队。再配合僧王的蒙古马队、京营八旗、绿营，方能在黄河两岸建立防线，挡住粤匪。”
洋枪队故名思议，装备洋枪洋炮。满清在天津设有机器制造局，隶属于北洋衙门，俗称天津机器局。
天津机器局已经走上正轨，能够自产洋枪、子弹，但成本过高，还不如直接从洋商那里购买。这其中，最主要的症结在于管理体制。
天津机器局完全是官办的企业，内部管理混乱，到了令人发指的地步。不少官员在机器局里安置亲属，用机器局的经费报销个人账务，完全没有建立正规的管理制度、审计制度、财务制度。
北洋大臣文祥个人操守很清正，却也挡不住底下人贪污受贿，也管理不好天津机器局。杨烜说他只是半个洋务人才，原因也在于此。
天津机器局生产的洋枪，价格比进口的洋枪贵一半，质量却不如进口的洋枪。这就导致清军装备成本过高，养十万洋枪队所需的军饷，都能养三十万绿营了。
咸丰深知洋枪队战斗力强，是清军中唯一可以抵御革命军的武装力量。国难当头，再苦再难也得练兵。他一咬牙，说道：
“肃六，练不成洋枪队，朝廷就没有军队可以抵御粤匪。无论如何，咱们都得筹足军饷，练出十万洋枪队，保住大清的江山、祖宗的基业。
“你兼任内务府大臣，如今国事艰难，内廷也得带好头，节衣缩食，为军队筹集军饷。肃六，从我的内帑中凑出十万两银子，作为练兵的专项军费。
“军机再发一道明发上谕，要各省督抚、大小臣工积极报效，无论如何都得凑出一笔军费，为扩编洋枪队准备好军费。”
肃顺却想得更远，问到了扩编军队的统帅人选问题：“皇上，练兵先选将，继要扩编洋枪队，就要选好洋枪队的统帅。
“天津洋枪队共有六干人，崇厚征朝鲜时带走了四干人，剩下两干人留在天津，由北洋大臣文祥兼管。臣保举崇厚回任洋枪队统帅，所遗朝鲜总督之职，臣保举户部左侍郎沈桂芬。”