在山西、河南两方巡视组各自取得进展的同时，八月中旬，刘衍下令在两京一十三省各设驻防总兵一人、副总兵一人，负责统领本省各营驻防军兵马。不过国防军总兵官的级别是从一品，副总兵是正二品，而驻防总兵是正二品，副总兵是从二品。
此番下达命令，刘衍特别关注四川，特命秦良玉为四川总兵官，以其子马祥麟为副总兵,立即在四川落实军改之策。同时严令兵部左侍郎、四川巡抚陈士奇在四川各地严格落实新政之策，以半年为期观其效用，否则便予以罢职，押解回京。
如今四支巡视组已经分头巡视地方，但是刘衍心中最担心的，依然有两个地方，一个是四川，一个是南直隶。
自古四川便非常容易形成割据之势，特别是眼下朝廷与地方因为新政、军改之策形成事实上的对立局面，对于四川,刘衍更是特别关注。
不过好在如今秦良玉还在，将其提拔起来，四川暂时应该是稳定的，接下来只要看新政、军改在四川能否能够落实就好。
不过对于南直隶那边，刘衍就没有这么乐观了。
“南京城可是一块神仙地啊，南京城里遍地都是老狐狸！”
九月中旬，刘衍在接到了南方巡视组蒋德璟的急报后，对南京留守朝廷的众人做出了如此评价，随后便召集内阁各尚书举行了朝议，决定自己亲自率领国防军第十二军右营南下，
前往南京城,为南方巡视组助阵。
“南京六部官吏拒绝执行朝廷新政、军改方略，至今连南京朝廷各部的改组都没有完成，更不用在地方上推行新政和军改之策了，这是在对抗朝廷！”
“此番本公决定亲自南下，并以第十二军副总兵鲍羌领军，随本公一同南下，大军两日后启程。”
众人闻言顿时心中大惊，看样子刘衍是准备对南京六部进行一番清洗了。
此时刘衍对十几位尚书道：“本公离京之后，朝中事务以陈尚书牵头，凡遇大事，以内阁表决为准。如边关有战事，则以国防军各军固守抗敌，本公没有回到北京城，各军均不得主动出击！”
“遵命！”
两后，刘衍、鲍羌率领第十二军右营一万七千余名将士从宣武门出城，一路南下前往南京城。
与此同时，在南京城内，南方巡视组被南京礼部安顿在城中的馆驿之中，蒋德璟数次要求召开朝议，对南京各部官吏部署落实新政、军改之策的方略，可是都没有得到任何回应。
南京方面以消极怠工的方式，让蒋德璟碰了一鼻子灰。
与此同时，国防军第十一军驻扎在南京城外的燕子矶，总兵官韩秦、秦成虎数次要求进入南京城驻扎，但是都被总兵官刘良佐、高杰拒绝，此时二人率领两镇数万兵马驻扎南京城内，与国防军第十一军形成了对峙的局面。
而总兵官黄得功，则并没有
听从南京朝廷的命令，率军进驻南京城，而是直接率部渡过了长江，赶往扬州驻扎去了，显然是不想趟这场浑水。
“今日诸位大臣还不准备见面吗！”
这一大早，蒋德璟再次率领巡视组众人来到南京礼部衙门外面，但是出来迎接的只有礼部的一个主事，礼部尚书钱谦益不知去向，一连好几都不见踪影。
其余各部官吏更是不知所踪，让蒋德璟气愤不已。
“呵呵，蒋大人息怒，各部的部堂的确是公务繁忙，下官已经向诸位大人通报了，等到时间尚可的时候，会派人通报大饶。”
“好！”
蒋德璟怒极而笑，大声道：“既然你们南京的官如此作为，就别怪本官不留情面了，将来朝廷怪罪下来，都叫你们好看！”
完，蒋德璟便气冲冲的返回了馆驿，随后便命人收拾行装准备撤出南京城，先汇合国防军第十一军，然后再决定下一步的行动。
当傍晚时分，蒋德璟回到了位于燕子矶的国防军第十一军营垒，见到了总兵官韩秦、副总兵秦成虎，三人对于南京方面这段时间的表现非常愤怒。
秦成虎脾气暴躁，甚至直接吼道：“明日咱们就攻城，直接将刘良佐、高杰两个混蛋的兵马灭了，我看南京城中那些混账东西还拿什么骄狂！”
韩秦也是跃跃欲试，这段时间第十一军将士已经非常克制了，但是南京方面依然拒绝大军进城，这
让韩秦非常愤怒，此时也想要直接动用武力解决问题。
可是二人却被蒋德璟拦住了。
“二位将军息怒，南京不比别处，南京有太祖的皇陵在，贸然攻打南京城，会让下侧目的，也会让别有用心之人借此来攻讦刘阁老。”
“此外，现在江南各省的文官武将都在盯着南京城，如果南京这边最终以内战的方式做出抉择，那江南各省的官吏怎么看？接下来战事极有可能会失去控制，甚至战火会逐渐蔓延到整个江南。”