二月初四日，那些自己出资买船的官员尚未来得及凑齐船只，马吉翔、李国泰等人便已迫不及待地簇拥着永历帝登船了。由于人多船少，太过拥挤，太后和东宫在一片混乱中竟没能挤上船。
见永历帝坐船开行，太后急得也顾不上形象了，站在岸边破口大骂道：“皇帝此时未至颠沛，竟不顾亲娘耶？”
永历帝在船上听到骂声，脸瞬间涨得通红，狼狈之下赶紧下令停船登岸。待至永历帝下船，太后更是毫不顾及皇帝的颜面，指着他的鼻子怒斥道：“皇上只顾着自己逃命，却不顾本宫及太子，如此行事，岂是我大明朝的皇上？”
司礼监太监王坤见状急忙上前替永历帝打圆场解释道：“太后息怒，皇上日理万机并不知情，是奴才们虑事不周，没顾得上安排，还请太后见谅。”
太后怒气未消，又见王坤多嘴，更是气不打一出来，厉声责骂道：“狗奴才，国都没了，还有什么万机可理？顾不上安排？为什么皇后和妃嫔都能顾得上安排，偏偏本宫与太子就顾不上安排了？这是什么道理？”
永历帝见王坤被骂了个狗血淋头还不算数，只好亲自赔罪道：“太后息怒，都是儿臣的不对，儿臣这就重新调整，晚些时候再开船便是。”
王坤唯恐太后接话，听到永历帝的口谕，立刻抢在太后开口之前，尖着嗓门大喊道：“皇上有旨，暂缓开船，太后及东宫优先上船！”
就这样又等了两日，待众官员凑齐船只，一行人这才重新开船南下，沿途缅甸寨民听说中原大皇帝亲临，心中敬畏，纷纷箪食壶浆，争相为船队供应食物。中途抵达井梗，沐天波担心继续深入缅境会有不测，遂再次派人前往与白文选部联络，但却并未成功。
二月二十四日，听说永历帝的船队即将抵达都城阿瓦，缅王莽达喇念及尽管永历朝廷名义上仍是缅甸的宗主国，但实际上却是逃难而来，若是自己与永历帝相见，在礼节上很难处理得当，到时平添尴尬，故而只派了一名汉人通事前来传话，说让永历帝选派两名大臣过舟讲话。
永历帝于是命中府都督马雄飞、御史邬昌琦二人带着自己的敕书登岸，向通事宣谕朝廷南幸之意。
通事心思缜密，在接过永历帝的敕书后，首先拿出当年神宗皇帝颁给缅王的敕书，将两份敕书放在一起比对，很快就看出了问题。原来永历帝敕书上所盖的玉玺与神宗皇帝的玉玺大小稍有出入，通事心中疑窦重生，更是对永历帝的真实身份产生了怀疑，任凭马雄飞、邬昌琦二人费尽唇舌，也不能消除。
二人无计可施，只好回船向永历帝禀报。永历帝听后亦是惶惑无计，多亏黔国公沐天波随身携带着历代相传的征南将军印，这枚印章黔国公府与西南沿边土司及接壤外邦文书往来之时用得最为频繁，马雄飞、邬昌琦二人于是又携带此印文登岸。经过一番比对，通事这才解除了疑虑，接下敕书，带回去向缅王莽达喇禀报。
而就在不久前，定国派往联络永历帝的岳阳伯高允成已被缅人杀害，在无法与永历帝取得联络的情况下，定国得知巩昌王白文选已至木邦，遂率部从孟定西进木邦，前来与白文选会师。
木邦土地平旷，多是掸族聚居。明永乐年间曾在此设置宣慰使司，后以“宣慰”的谐音，此地渐渐被人称之为“新威”，其地北通畹町，东接孟连、孟定、耿马，再往西南则是腊戌、阿瓦。虽说早在万历年间，便被缅甸所占，但却始终与缅甸若即若离。
在与白文选会合之后，定国认为缅方态度难以预料，而各营将士、妻子、辎重皆散于各地，一时之间兵力难以聚集，此时如果遽然以兵入缅，恐激而生变，对永历帝不利，遂与白文选商议道：“缅甸乃是小邦，若我大军骤至，其必定惊惧，发兵拒之！一旦贸然开战，双方结下怨仇，将置皇上于何地？”
白文选至始至终都坚决反对永历帝入缅，见到今日的局面，他更是忍不住发出了一声叹息：“事已至此，如之奈何？晋王可有主意？”
定国低头思忖了片刻，这才说道：“倒不如就近选择一处险要地势，你我两军相为掎角之势，然后休养生息，收拢溃散。缅王忌惮我军陈兵边境，必不敢无礼于皇上！且云南瘴暑，清军不敢久驻，待其稍退，吾等便可以联结诸土司以为后图，巩昌王以为妥否？”
白文选听后却是提出了相反的意见：“我军如今皆在缅甸境外，皇上左右并无重兵，一旦有事，鞭长莫及！如今云南虽被清军所占，然散布在云、贵、川的兵力还有不少，皇上遁入缅甸，对诸将坚持抗清必将造成极为不利的影响，因此当务之急应当是尽快将皇上从缅甸接回国内！请晋王允准末将带兵入缅打探圣驾的消息，并伺机展开营救！”
定国犹豫许久，终于还是点头表示了同意。旋即，两人按照先前约定的分工各自行动，定国率军过耿马北上，至勐缅继续收拢溃散的军队，而白文选则领兵走间道渡过陇川、怒江，深入缅甸，寻觅永历帝下落。
待进至磨整、雍会附近，已是缅甸境内了。由于天气炎热，明军将士全都解下甲鞍，在树荫下休息，白文选念及永历帝尚在缅甸，不愿与缅军轻起刀兵，遂派出两名使者先行前往寻找当地地方官，通知他们这次明军入缅并非侵略，只是为了接永历帝一行回国。
不料两名使者才刚走到半路，就被缅军俘获，旋即缅军更是不分青红皂白，直接将两名使者斩杀。
白文选久久没有等到使者回来，于是又派出数十骑前往搜索，谁知竟再次被缅军暗中设伏杀害。或许是以为明朝皇帝都已经入境避难了，明军剩下的不过就是些散兵游勇而已，不堪一击，这些缅军愈发得寸进尺，他们见白文选军中有许多战马，居然派出两百余骑，大大咧咧地直接闯入明军军营抢马。
白文选忍无可忍，终于勃然大怒，立刻命令部下向缅军发起全线反击，只在须臾片刻间，就将这群缅军打得是丢盔卸甲，落荒而逃。明军一路尾随追杀，直至伊洛瓦底江边，许多缅军士卒无路可走，被迫跳入江中，尽皆溺水而亡。
驻扎于江对岸的缅军主力由主事大臣变牙简统领，号称五十万大军，与明军隔江对峙。白文选知道对方不过虚张声势，最多也就只有七八万人，遂命各营将士砍伐树木，制作木筏准备强渡伊洛瓦底江。
变牙简自恃人多势众，根本没有把白文选放在眼里，见明军正在对岸打造木筏，不禁笑着对身边诸将说道：“汉人已是穷途末路，兵不过数千，只须待其尽渡过江，然后扼而尽歼，定能将这些汉人全数赶入江里喂鱼！”
尽管变牙简信心满满，可令他万万没有想到的是，明军前锋才刚渡过一百多名骑兵，白文选便在对岸吹响了进攻的号角。百余骑旋即呼啸向前，直扑缅军而来。缅军一时猝不及防，阵型瞬间就被冲了个七零八落。随着滩头阵地被明军控制，对岸的明军主力也开始陆续乘坐木筏鱼贯渡江，向缅军发起了全面进攻，缅军顷刻间土崩瓦解，死伤者多达四五万人。
直到这时，变牙简方才知道明军的厉害，不敢再与明军正面对抗，连忙下令尽焚城外房舍，然后聚拢败兵退入城中坚守。白文选由于担心永历帝的安危，不敢莽撞行事，只得传令驻军城下，静观其变。
在得知白文选率军入境的消息后，缅王莽达喇不禁怒火中烧，立刻派官员前往质问永历帝道：“尔到我家避难，却为何杀我地方？”
永历帝在此消息闭塞，根本不知道白文选率兵前来接驾之事，听得是一头雾水，只得回答道：“既然是我大明的兵马，朕这就写一道敕谕，他们见后自然退去。”
待永历帝将敕令写好，立刻派遣官员前往白文选军中传谕。见永历帝的信使到来，变牙简担心信使与白文选见面之后，互通有无，会徒生变故，故拒绝让信使出城，又另外派人将敕文送往白文选大营。
看过谕旨，尽管白文选心有不甘，可君命难违，他也只能是无奈地叩首接下圣旨，并于当日下达了撤军的命令。
二月十七日，总兵潘世荣保护着取陆路南行的岷王世子及官眷九百余人，历经千辛万苦终于抵达了缅甸国都阿瓦城隔河对岸处，他们此时尚不知道白文选与缅军开战的消息，遂在距城五六里处扎下营寨。
不料由于扎营时人马杂沓，竟引起了缅王莽达喇的极度惶恐，他焦虑不安地对诸臣言道：“明朝怕是并非前来避难，而是阴图我国耳！”
在莽白的怂恿下，莽达喇当即派出一支军队，将城外的这批明朝官眷全部包围起来，然后强行将他们不分男女老幼，尽数安置于附近的村民家中，一户一人，严加看管。
没过多久，随着前线兵败的消息传来，这些官眷又遭到了缅军报复性的屠杀，死难者多达八百多人。其中，总兵向鼎、潘世荣、范崇礼、郑文藻等人皆是定国旧部。面对如此人间惨剧，侥幸逃过一劫的通政使朱蕴金、中军姜成德在悲愤交加下，自缢身亡。其他幸存的九十余人，则在岷王世子及温如珍等人的带领下逃往了暹罗。
至三月间，在狄三品等部将的胁迫下，庆阳王冯双礼无奈于四川建昌向清军投降。随着冯双礼降清，四川全境遂告沦陷。
此外，先前撤至滇西北鹤庆、剑川、丽江、兰州一带的叙国公马惟兴、淮国公马宝、将军塔新策、汉阳王马进忠之子马自德、公安伯李如碧、宜川伯高启隆诸部明军，也因群龙无首，加之对前途感到悲观失望，纷纷选择投降清军。另有岐山侯王会、总兵杨成、赵武、史文、邓望功、阳武伯廖鱼，东阁大学士张佐宸、户部尚书龚彝、兵部尚书孙顺、兵部侍郎万年策、大理寺少卿刘泌、兵科都给事中胡显等一干文武官员相继归附了清廷。
随着局势愈发恶化，广国公贺九仪不得不带着雷朝圣、黄元才、王三才、张国用、赵得胜、彭应伯、何起龙、阎惟龙诸部由临安府撤至沅江府，而将军都督邹自贵、马得鸣等残部，亦退至了顺宁府一带。
泱泱华夏，万里河山，时至今日仍处于明军控制之下的地盘已经屈指可数了。